Jump to content
Forum Kopalni Wiedzy
KopalniaWiedzy.pl

Możesz pomóc w znalezieniu leku przeciwko koronawirusowi SARS-CoV-2. Wystarczy komputer

Recommended Posts

W ramach projektu Folding@Home możemy teraz pomóc w walce z koronawirusem. Każdy chętny może poświęcić część mocy obliczeniowej swojego komputera na rzecz pracy nad poszukiwaniem szczepionek i leków zwalczających SARS-CoV-2. Wystarczy odpowiednie oprogramowanie, które znajdziemy tutaj.

Folding@Home to jeden z wielu projektów rozproszonego przetwarzania danych. Uczestniczą w nich miliony internautów z całego świata. Wystarczy wejść na stronę takie projektu i zainstalować niewielki program. Dzięki niemu nasz komputer będzie ze strony projektu pobierał dane, przetwarzał je, i odsyłał do projektu wyniki swoich obliczeń. Dzięki olbrzymiej liczbie podłączonych komputerów takie projekty dysponują olbrzymią mocą obliczeniową, co znacznie przyspiesza badania naukowe.

Projekt Folding@Home skupia się na badaniach z dziedziny medycyny, związanych ze zwijaniem białek, projektowaniem leków i innych zagadnieniach z zakresu dynamiki molekuł. Takie badania wymagają gigantycznych mocy obliczeniowych.

Dotychczas w ramach projektu Folding@Home można było wspomagać badania nad nowotworami piersi, nowotworami nerek, białkiem p53, epigenetyką nowotworów, chorobą Chagas oraz chorobami Alzheimera, Parkinsona i Huntingtona. Teraz dołączono doń badania związane z poszukiwaniem w wirusie SARS-CoV-2 protein, które można będzie zaatakować za pomocą leków. W ten sposób każdy z nas może przyczynić się do wynalezienia leku na COVID-19. Folding@Home będzie wykorzystywał tylko wolne zasoby naszego procesora centralnego (CPU) i graficznego (GPU). Możemy więc bez problemu używać komputera, w czasie gdy Folding@Home będzie w tle przeprowadzał swoje obliczenia.

Po zainstalowaniu oprogramowania zobaczymy prosty panel kontrolny. Najważniesza dla nas jest lista rozwijalna o nazwie "I support research fighting". Jeśli chcemy pracować nad lekiem na koronawirusa powinniśmy wybrać „Any disease”. Wówczas nasz komputer będzie prowadził obliczenia na rzecz leku nad COVID-19. Choroba ta ma bowiem priorytet i ci, którzy nie wybiorą z listy rozwijalnej innej choroby zostaną zaprzęgnięci do walki z SARS-CoV-2.


« powrót do artykułu

Share this post


Link to post
Share on other sites

Niby się instaluje, ale się nie instaluje (Mint). Łyka pakiety i to wszystko, nie odpala okienka administratora.

Share this post


Link to post
Share on other sites

A superkomputery to co w tej chwili robia? Jakie zadania im na najblizszetygodnie przydzielono i jakie mialy w poprzednich tygodniach tak wazne zadania, ze potrzeba mocy obliczeniowej uzytkownikow domowych? ... XXI wiek a nawet nie obmyslono jeszcze sposobu na unieszkodliwienie bakterii powodujacych pruchnice zebow... od ilu wiekow??? Ale znajda na szybko sposob na unieszkodliwienie wirusa !.... To jest żart chyba jakis co sie na tym swiecie dzieje. Proponuje zwiekszyc moc anten gsm.

  • Upvote (+1) 1

Share this post


Link to post
Share on other sites
2 hours ago, Felipesku said:

XXI wiek a nawet nie obmyslono jeszcze sposobu na unieszkodliwienie bakterii powodujacych pruchnice zebow

Obmyślono. Ta tajna metoda, o której nie wiesz, nazywa się "higiena jamy ustnej". Zachęcam do przetestowania, działa :)

Share this post


Link to post
Share on other sites

To nie chce być takie proste. Jak ktoś jest podatny, ma przechlapane. Znam osoby, które bardzo o zęby dbają, i codziennie, i u dentystów zostawiły już niezły samochód, a i tak coraz mniej prawdziwych w paszczy mają. Przez próchnicę.

Share this post


Link to post
Share on other sites
4 hours ago, ex nihilo said:

Niby się instaluje, ale się nie instaluje (Mint). Łyka pakiety i to wszystko, nie odpala okienka administratora.

 A zainstalowałeś FAHControl? U mnie wszystko hula (Ubuntu 18.04). Zainstalowałem wszystkie 3 apki (client, control i viewer)

Edited by Daniel O'Really

Share this post


Link to post
Share on other sites

Też 18.04. Próbowałem wszystkie trzy. Jutro spróbuję z konsoli, ale w tych sprawach wołowa d*pa jestem ;)
Poza tym 18.04/Mint mam dopiero od dwóch tygodni. W ogóle pingwina od 16 lat, kompy >30, ale grzebać w tym cholernie nie lubię, bo jak mnie wciągnie, to... a za dużo już tego wszystkiego. :D

Share this post


Link to post
Share on other sites

Od lat mam na kompie odpalonego Boinca i udostępniam zasoby dla między innymi rosetta@home. Nie zamierzam zmieniać na folding@home, bo po pierwsze mają swoją dedykowaną aplikację - czyli nie mogę wybrać do czego ile zasobów przydzielić  a po drugie zgadzam się z Felipesku - jeśli miało by to mieć jakikolwiek sens w przypadku Cov-2 to powinny się tym zajmować superkomputery.

Edited by dexx

Share this post


Link to post
Share on other sites
25 minutes ago, dexx said:

jeśli miało by to mieć jakikolwiek sens w przypadku Cov-2 to powinny się tym zajmować superkomputery

Też jestem zdania, że nie zaszkodziłoby wykorzystać istniejące superkomputery do rozwiązania tego problemu. Niestety nie mamy możliwości wpłynięcia w jakiś sensowny sposób na właścicieli superkomputerów, żeby uzmysłowili sobie, że "powinni" je wykorzystać w taki czy inny sposób, a mamy możliwość pomóc użyczając mocy obliczeniowej swoich komputerów w projekcie Folding@Home. Mając wybór pomiędzy bezczynnym malkontenctwem a próbą, choćby niewielkiego przechylenia szali na rzecz poprawy stanu rzeczy, wybieram to drugie.

  • Upvote (+1) 1

Share this post


Link to post
Share on other sites

Też na razie nie zmieniam z boinca, ale z tymi superkomputerami to zachęcam do udzialu każdego, kto akuratma jakiś pod ręką. Jeśli nie, to może przynajmniej udostępnić zwykłą maszynę.

Share this post


Link to post
Share on other sites
9 hours ago, Daniel O'Really said:

Obmyślono. Ta tajna metoda, o której nie wiesz, nazywa się "higiena jamy ustnej". Zachęcam do przetestowania, działa :)

Nie karm trolla, bo dostanie próchnicy :) Kiedy bolą go zęby, robi się jeszcze bardziej marudny :lol:

Edited by cyjanobakteria

Share this post


Link to post
Share on other sites
9 godzin temu, Daniel O'Really napisał:

zainstalowałeś (...)?

Ok, wlazło, ale z zapisanych pakietów (bez konsoli), bezpośrednio nie chciało.

Share this post


Link to post
Share on other sites

Ktoś może wie jak ustawić toto? Przy suwaku na Medium system mi się nieco przeciąża, a przy Light kula się właściwie na jednym z czterech rdzeni... Cuś pomiędzy by się przydało. ;)

Share this post


Link to post
Share on other sites
56 minutes ago, Astro said:

Ktoś może wie jak ustawić toto?

@Astro Otwórz FAHControl. Wejdź w Slots, zaznacz cpu, wejdź w Edit i tam będziesz miał "Configure folding slots". W części opisanej jako CPU masz okienko opisane jako "The number of CPU threads this slot should use. -1 (wartość domyślna) lets the client choose." Czyli jeśli jest -1 klient wybiera ile wątków jest zajętych przez FAH. Wpisz tu liczbę wątków, jaką chcesz przeznaczyć na to zadanie. Jeśli masz procesor z Hyper Threating, na każdy rdzeń przypadają 2 wątki, jeśli nie to 1 wątek na rdzeń. Załączony obrazek jest z UI na Linux, więc jeśli masz inny system, może to wyglądać trochę inaczej, ale pewnie nie aż na tyle, żeby nie znaleźć tego ustawienia.

fah_settings.png

Edited by Daniel O'Really
  • Upvote (+1) 1

Share this post


Link to post
Share on other sites

Dzięki, zaraz się pobawię. Wygląda inaczej, ale też Linux. :)

Share this post


Link to post
Share on other sites

Mam duży kłopot z instalacją. Braki paczek, zależności, etc. Nie mam FAHControl i czasu na zmaganie się z tym, ale mam /etc/fahclient/config.xml - Jak powinien wyglądać jeżeli chcę:

a) liczyć COVID-19

b) oddać wszystkie rdzenie - raptem 6

Może jakaś dobra dusza podzieli się swoim configiem ? bez hasełek oczy wiście :D Aktualny stan:

<config>

<!-- Client Control -->

<fold-anon v='true'/>

<!-- Folding Slot Configuration -->

<gpu v='false'/>

<!-- User Information -->

<user v='Jajcenty'/>

<!-- Folding Slots -->

<slot id='0' type='CPU'/>

</config>

Share this post


Link to post
Share on other sites

Co to za śmieszny artykuł? Przecież Summit już to zrobił.

  • Downvote (-1) 1

Share this post


Link to post
Share on other sites
22 minuty temu, Jajcenty napisał:

a) liczyć COVID-19

jest domyślnie (priorytet)

22 minuty temu, Jajcenty napisał:

b) oddać wszystkie rdzenie - raptem 6

<!-- Slot Control -->
<power v='full'/>

(powinno wystarczyć ;))

  • Thanks (+1) 1

Share this post


Link to post
Share on other sites

No dobra, to ja mam też pytanie.

Na Windzie instalacja bez problemu. Działanie bez problemu. Ale po restarcie komputera nie tylko automatycznie nie odpala, ale z konta użytkownika nie mam do niego dostępu. Muszę przelogować się na admina i odpalić ręcznie, mimo że jest skonfigurowany na automatyczne odpalanie.

Ktoś wie, co z tym zrobić?

Share this post


Link to post
Share on other sites

Hmm. Może:

Cytat

Note: Under Windows, antivirus software can interfere with the Folding@home client files and cause errors. We suggest configuring antivirus software to exclude the FAH client directory and especially the Work directory from the antivirus scanning list.

https://foldingathome.org/support/faq/installation-guides/windows/requirements/

Share this post


Link to post
Share on other sites

Heh... trochę mnie pocieszyło, że nie tylko ja, totalna d. w tych sprawach, miałem problemy ;)
Ale działa. Komp z czasów dinozaurów (core duo 2x3.0), ustawienie "low", reszta fabrycznie. Zabrał sobie jeden rdzeń. Praktycznie nieodczuwalne - normalnie grzebię w sieci, nie grzeje się (ok. 40 +/- 3), innych świństw też nie robi, RAM żre minimalnie, jakieś 0,2G z 8. Później może dostanie "medium".
Czyli spoxik i luzik, niech se mieli, przynajmniej coś sensownego mieli, a nie ciągle te gołe baby ;)

Share this post


Link to post
Share on other sites
4 godziny temu, ex nihilo napisał:

Heh... trochę mnie pocieszyło, że nie tylko ja, totalna d. w tych sprawach, miałem problemy

Fatalny zbieg okoliczności. Tak się koledzy z KW napalili na liczenie białek, że im FAH serwis klęknął... najpierw opowiadał że no 'WUs for this configuration' a potem ordynarne HTTP 500 . Ale już jest dobrze. Wcześniej zainstalował mi jakąś przykrą wersję sqlite i nie umiał jej użyć. KOmedia pomyłek jak pod windowsem. Ale po deinstalacji i instalacji TYLKO clienta poszło:

image.thumb.png.9afd2a796facdfa430affa5fb96f6864.png

Edited by Jajcenty

Share this post


Link to post
Share on other sites

Create an account or sign in to comment

You need to be a member in order to leave a comment

Create an account

Sign up for a new account in our community. It's easy!

Register a new account

Sign in

Already have an account? Sign in here.

Sign In Now

  • Similar Content

    • By KopalniaWiedzy.pl
      Co najmniej od początku bieżącego roku media ekscytują się doniesieniami o pojawieniu się nowych wariantów wirusa SAR-CoV-2. Nie od dzisiaj wiemy, że wirusy mutują, więc nowych wariantów należało się spodziewać. Jednak zmiany mogą niepokoić, szczególnie jeśli wpływają na naszą pamięć immunologiczną lub skuteczność szczepionek. Naukowcy postanowili zbadać jakiego rodzaju zmiany zachodzą wśród koronawirusów atakujących ludzi od dziesiątków lat i dowiedzieć się, w jaki sposób mutacje SARS-CoV-2 mogą wpłynąć na przyszłe interakcje wirusa z człowiekiem.
      Znamy setki koronawirusów krążących wśród nietoperzy, świń, wielbłądów czy kotów. Wiemy też, że 7 z nich atakuje ludzi. Cztery powodują objawy podobne do łagodnego przeziębienia i zarażają w sezonie grypowym kilkadziesiąt procent chorych. To sezonowe wirusy 229E, NL63, OC43 oraz HKU1. Trzy kolejne wirusy mogą powodować poważne zachorowania i prowadzić do zgonu: MERS-CoV, SARS-CoV oraz SARS-CoV-2.
      Wiemy, że niektóre koronawirusy ponownie zarażają ludzi. Nie jest jednak jasne, czy jest to spowodowane dryfem genetycznym [czyli powolnymi mutacjami wirusa – red.] czy też utratą pamięci immunologicznej przez ludzki organizm. Chcieliśmy sprawdzić, czy istnieją jakieś dowody na to, że koronawirusy podobne do SARS-CoV-2 zmieniają się, by uniknąć ludzkiego układu odpornościowego, mówi doktor Kathryn Kistler z Wydziału Szczepionek i Chorób Zakaźnych we Fred Hutchinson Cancer Research Center w Seattle.
      Naukowcy przyjrzeli się czterem koronawirusom wywołującym sezonowe przeziębienia. Wiemy, że wirusy te zidentyfikowano u ludzi 20–60 lat temu, wiemy, że ponownie infekują ludzi, nie wiemy jednak, czy przyczyną ponownych infekcji jest dryf genetyczny czy utrata przeciwciał.
      Uczeni użyli wielu różnych technik obliczeniowych, by przyjrzeć się ewolucji tych wirusów w czasie. Szczególnie interesowały ich zmiany, jakie mogły zajść w proteinach mogących zawierać antygeny, czyli np. w białku S, które znajduje się na powierzchni wirusa i jest tym samym wystawione na działanie układu odpornościowego.
      Okazało się, że u dwóch koronawirusów – OC43 i 229E – mamy do czynienia z szybkim tempem ewolucji białka S. Niemal wszystkie mutacje, które są korzystne dla tych wirusów, zaszły w regionie S1 tego białka. To właśnie ten region pomaga w infekowaniu komórek ludzkiego organizmu.
      Wyniki badań wskazują, że wirusy te ulegają szybkiemu dryfowi genetycznemu, by uniknąć układu odpornościowego. Co więcej, z przeprowadzonych szacunków wynika, że przydatne wirusowi mutacje białka S (białka kolca) OC43 i 229E pojawiają się raz na 2-3 lata. To mniej więcej dwu- a nawet trzykrotnie szybciej niż mutacje obserwowane w wirusie grypy H3N2.
      W związku z dużą złożonością i zróżnicowaniem sezonowych koronawirusów, nie jest do końca jasne, czy koronawirusy takie jak SARS-CoV-2 również ewoluują w ten sam sposób. Może się okazać, że co jakiś czas trzeba będzie zmieniać obecnie stosowane szczepionki przeciwko COVID-19 tak, by zwalczały nowe szczepy SARS-CoV-2. Kluczowym elementem walki z tą chorobą będzie więc ciągłe monitorowanie ewolucji antygenów wirusa, dodaje Trevor Bedford, główny autor badań.
      Ze szczegółami pracy uczonych z Seattle można zapoznać się na łamach eLife.

      « powrót do artykułu
    • By KopalniaWiedzy.pl
      Grupa naukowców z nowojorskiej Icahn School of Medicine at Mount Sinai odkryła dowody sugerujące, że urządzenia smart watch mogą wykrywać objawy COVID-19 jeszcze zanim u chorego pojawią się objawy. Dane takie uzyskano na podstawie badań, w których wzięło udział 297 pracowników służby zdrowia.
      Jednym z wczesnych objawów COVID-19 jest pojawienie się stanu zapalnego w organizmie. Gdy tak się stanie, dochodzi do niewielkiej zmiany w przepływie krwi. Te zaś prowadzą do zmian rytmu serca, które smart watch może wykryć.
      Badanych proszono, by przez dłuższy czas nosili Apple Watch. Zegarek notował przez dłuższy czas rytm serca, dzięki czemu określił normę dla badanej osoby. Wczesnym sygnałem infekcji była zaś nagła długotrwała zmiana rytmu. Badani, oprócz tego, że nosili zegarki, zainstalowali w nich również specjalną aplikację, która poszukiwała takich długotrwałych zmian w rytmie serca. Analiza danych z urządzeń wykazała, że zegarki wykryły 2/3 zainfekowanych osób średnio na 7 dni przed pojawieniem się u nich objawów.
      To już kolejne badania wskazujące, że urządzenia smart watch mogą bardzo wcześnie wykrywać niepokojące zmiany w organizmie. Pozostaje więc stworzenie odpowiednich aplikacji, które będą w stanie śledzić i analizować takie dane oraz poinformują użytkownika o problemie.

      « powrót do artykułu
    • By KopalniaWiedzy.pl
      Na Uniwersytecie w Umea udało się uzyskać niezwykle szczegółowy obraz adenowirusa jelitowego. Okazało się, że jest on jedną z najbardziej złożonych struktur biologicznych, jakie dotychczas obrazowano na poziomie atomowym. Dokładne określenie jego struktury pomoże w opracowaniu szczepionki przeciwko wirusowi, który każdego roku zabija ponad 50 000 dzieci w wieku poniżej 5. roku życia.
      Adenowirusy to przede wszystkim wirusy układu oddechowego. Te atakujące układ pokarmowy są mniej znane. Muszą być one wyposażone w mechanizmy umożliwiające im przetrwanie kwaśnego środowiska żołądka, by mogły przez niego przejść i zarazić jelita.
      Szwedzcy naukowcy, posługując się mikroskopem krioelektronowym byli w stanie stworzyć trójwymiarowy obraz ludzkiego adenowirusa jelitowego HAdV-F41 i zobrazować patogen do poziomu atomowego. Dowiedzieli się dzięki temu, że powłoka chroniąca wirusa przed kwasem żołądkowym składa się z dwóch tysięcy molekuł białek, zbudowanych w sumie z sześciu milionów atomów. Nasze prace pozwalają nam lepiej zrozumieć, w jaki sposób wirus przedostaje się przez żołądek i jelita. Dalsze prace dadzą odpowiedź na pytanie, czy wiedza te przyda się do opracowania szczepionki, która sobie z wirusem poradzi i będzie podawana doustnie, a nie za pomocą zastrzyku, mówi Lars-Anders Carlson.
      Badania wykazały, że adenowirus jelitowy nie zmieniaj struktury gdy trafia na kwaśne środowisko. Zauważono też inne różnice pomiędzy adenowirusem jelitowym, a oddechowymi. Na te drugie istnieje szczepionka. Wszystkie te informacje ułatwią zrozumienie, jak przebiega infekcja i jak prowadzi do śmierci.
      Badania nad adenowirusem jelitowym mogą pomóc też w walce z... COVID-19. Wiele opracowywanych szczepionek przeciwko tej chorobie bazuje na zmodyfikowanych adenowirusach. Jeśli udałoby się wykorzystać w tym celu adenowirusa jelitowego, to istnieje szansa na stworzenie szczepionki doustnej. To zaś znakomicie ułatwiłoby szczepienia.

      « powrót do artykułu
    • By KopalniaWiedzy.pl
      Europejska Agencja Leków (EMA) poinformowała, że podczas grudniowego cyberataku przestępcy uzyskali dostęp do informacji nt. leków i szczepionek przeciwko COVID-19. Teraz dane dotyczące szczepionki Pfizera zostały przez nich udostępnione w internecie
      W trakcie prowadzonego śledztwa ws. ataku na EMA stwierdzono, że napastnicy nielegalnie zyskali dostęp do należących do stron trzecich dokumentów związanych z lekami i szczepionkami przeciwko COVID-19. Informacje te wyciekły do internetu. Organy ścigania podjęły odpowiednie działania, oświadczyli przedstawiciele EMA.
      To nie pierwszy raz, gdy cyberprzestępcy biorą na cel firmy i organizacje związane z rozwojem i dystrybucją szczepionek przeciwko COVID-19. Już w maju ubiegłego roku brytyjskie Narodowe Centrum Cyberbezpieczeństwa poinformowało, że brytyjskie uniwersytety i instytucje naukowe znalazły się na celowniku cyberprzestępców, a celem ataków jest zdobycie informacji dotyczących badań nad koronawirusem. Wspomniane grupy przestępce były prawdopodobnie powiązane z rządami Rosji, Iranu i Chin. Z kolei w listopadzie Microsoft poinformował, że powiązana z Moskwą grupa Fancy Bear oraz północnokoreańskie grupy Lazarus i Cerium zaatakowały siedem firm farmaceutycznych pracujących nad szczepionkami.
      Atak na EMA nie zakłócił działania samej Agencji, nie wpłynął też na dystrybucję szczepionek.

      « powrót do artykułu
  • Recently Browsing   0 members

    No registered users viewing this page.

×
×
  • Create New...