Łyszczyńskiego chętnie widzi się jako patrona ateistów, należy jednak pamiętać, że nie za ateizm go stracono. Nie przede wszystkim. Poglądy religijne Łyszczyńskiego były znane w bliskich mu kręgach katolickiej szlachty od lat. Swe dzieło napisał przecież 15 lat przed procesem, ale nigdy go nie wydrukował. Łyszczyński głosił przede wszystkim (choć nie robił tego publicznie) niebezpieczne w owych czasach poglądy polityczne, godzące w ówczesny porządek społeczny. Poglądy takie jak społeczeństwo bezklasowe, wolne od nurtów religijnych, uderzały przede wszystkim w interesy magnaterii, groziły wywołaniem buntów chłopskich. Zbiegostwo chłopów, lokalne bunty były poważnym problemem, a pamięć o powstaniu Chmielnickiego wciąż żywa. Oskarżyciel publiczny, instygator Szymon Kurowicz Zabistowski dostrzegał w Łyszczyńskim przede wszystkim wichrzyciela, który uderzał w istniejący porządek społeczny. To właśnie tego się obawiano.
Proces i egzekucja wywołały oburzenie wśród katolickiej szlachty, mimo jej pozornego fanatyzmu religijnego. Ten proces godził przecież w podstawy złotej wolności szlacheckiej. Jednak magnateria pozbywała się człowieka, którego poglądy mogły kruszyć podstawy systemu folwarczno-pańszczyźnianego. To był kolejny gwóźdź do trumny kraju, który od ponad siedemdziesięciu lat zmagał się z postępującym regresem gospodarczym.
Zresztą inne procesy religijne także miały często ekonomiczne podłoże. Częste w I poł. XVIII w. procesy o rzekome mordy rytualne dokonywane przez Żydów na chrześcijańskich dzieciach, odbywały się głównie tam gdzie szlachta przegrywała ekonomiczną konkurencje z Żydami.