Jump to content
Forum Kopalni Wiedzy

Search the Community

Showing results for tags ' baza danych'.



More search options

  • Search By Tags

    Type tags separated by commas.
  • Search By Author

Content Type


Forums

  • Nasza społeczność
    • Sprawy administracyjne i inne
    • Luźne gatki
  • Komentarze do wiadomości
    • Medycyna
    • Technologia
    • Psychologia
    • Zdrowie i uroda
    • Bezpieczeństwo IT
    • Nauki przyrodnicze
    • Astronomia i fizyka
    • Humanistyka
    • Ciekawostki
  • Artykuły
    • Artykuły
  • Inne
    • Wywiady
    • Książki

Find results in...

Find results that contain...


Date Created

  • Start

    End


Last Updated

  • Start

    End


Filter by number of...

Joined

  • Start

    End


Group


Adres URL


Skype


ICQ


Jabber


MSN


AIM


Yahoo


Lokalizacja


Zainteresowania

Found 4 results

  1. W ubiegłym tygodniu odbyła się 3-dniowa burza mózgów, w czasie której około 200 naukowców i przedstawicieli pacjentów chorujących na nowotwory dyskutowało o propozycji prezydenta Trumpa, który podczas styczniowego State of the Union zapowiedział przeznaczenie w ciągu 10 lat 500 milionów dolarów na badania nad nowotworami u dzieci. Jednym z głównych elementów planu jest utworzenie olbrzymiej bazy danych. Każdego roku nowotwory są diagnozowane u około 16 000 dzieci w USA. Nie wszystkie z nich przeżyją, a te, którym się to uda, często zmagają się ze skutkami ubocznymi leczenia. A gdyby wszystkie dane dotyczące takich dzieci, włącznie z datami ich urodzenia, wynikami testów genetycznych, informacjami o zażywanych lekach i wszelkimi danymi zdrowotnymi trafiły do jednej bazy danych, do której mieliby dostęp naukowcy zajmujący się badaniami nad nowotworami? Childhood Cancer Data Initiative (CCDI), jak taki projekt jest nazywany w National Cancer Institute (NCI), to ważna część planu zarysowanego przez prezydenta Trumpa. Mogłaby ona przynieść olbrzymie korzyści. Naukowcy mogliby dzięki niej opracować mniej szkodliwe metody leczenia czy w końcu dowiedzieć się, dlaczego u około 10% małych pacjentów chorujących na białaczkę choroba albo nie reaguje na leczenie, albo nawraca. Taka baza pomogłaby też w zwalczaniu rzadkich nowotworów, na które obecnie nie ma lekarstwa, gdyż naukowcy mogąc przeanalizować większą liczbę przypadków mogliby wyciągnąć jakieś wnioski. Jednak, jak zauważa szef NCI, Doug Lowy, gdyby stworzenie takiej bazy było prosto, to już byśmy ją stworzyli. Problem w tym, że dane medyczne dzieci i młodych dorosłych cierpiących na nowotwory są porozrzucane po wielu niekompatybilnych bazach danych. Znajdują się one m.in. w stanowych rejestrach osób cierpiących na nowotwory, bazach zawierających zsekwencjonowane genomy guzów nowotworowych, które są tworzone na potrzeby konkretnych projektów badawczych, znajdziemy je w bazie bazie Children's Oncology Group NCI, która prowadzi testy kliniczne. Wiele innych użytecznych danych pacjentów znajduje się w prywatnych praktykach lekarskich, różnych szpitalach, klinikach. Bardzo często nie są one zdigitalizowane, więc trzeba by te informacje ręcznie wprowadzić do systemów komputerowych. Osobny problem to dane z badań obrazowych, które trzeba by umieścić w takiej bazie wraz z odpowiednimi opisami i oznaczeniami. Żeby stworzyć taką jednolitą bazę trzeba  podjąć wiele decyzji dotyczących tego, jak głęboko sięgać w przeszłość. Czy na przykład, NCI powinna tworzyć profile genetyczne posiadanych przez siebie próbek guzów nowotworowych itp. itd. Eksperci, którzy uczestniczyli we wspomnianej burzy mózgów, zgodzili się co do tego, że w pierwszym etapie prac NCI musi stworzyć spis wszystkich istniejących baz danych i magazynów próbek. Pojawiła się też sugestia, że Instytut powinien w ciągu roku opracować sposób na połączenie pięciu największych istniejących pediatrycznych onkologicznych baz danych w jedną. Inny pomysł to wprowadzenie przez NCI numerów identyfikacyjnych pacjentów tak, by możliwe było ich śledzenie w różnych bazach. Jeszcze inny pomysł to stworzenie federalnej bazy danych badań przedklinicznych na zwierzętach, na wzór już istniejącej bazy danych badań klinicznych. Najbardziej jednak śmiałą propozycją było wpisanie każdego pacjenta nowotworowego do długoterminowego projektu danych populacyjnych. Niektórzy uczestnicy spotkania ostrzegali jednak przed „wynajdywaniem prochu na nowo”. Zauważyli, że istnieją już rozbudowane projekty badań populacyjnych, które obejmują wiele tysięcy ludzi. Nie ma sensu uwzględnianie w nich każdego człowieka, gdyż spowoduje to znaczące zwiększenie kosztów. National Cancer Institute zapowiada zebranie wszystkich pomysłów i przygotowanie podsumowania spotkania. Na razie wielką niewiadomą jest, jakie decyzje zapadną w Kongresie. Administracja prezydenta domaga się, by w budżecie na rok 2020 uwzględniono 50 milionów USD na rozpoczęcie prac nad CCDI. Kwota ta została uwzględniona w propozycji budżetowej Izby Reprezentantów, jednak Senat nie zaprezentował jeszcze projektu swojego budżetu. « powrót do artykułu
  2. Po raz pierwszy w historii sąd federalny nakazał udostępnienie policji całej bazy danych DNA, w tym profili, których właściciele nie wyrazili zgody na udostępnienie. Od czasu, gdy w ubiegłym roku policja – po przeszukaniu publicznej bazy danych DNA – schwytała seryjnego mordercę sprzed dziesięcioleci, udało się dzięki takim bazom rozwiązać wiele nierozstrzygniętych spraw. Jednak działania policji budzą zastrzeżenia dotyczące prywatności. We wrześniu Departament Sprawiedliwości, by rozwiać te obawy, wydał instrukcję, zgodnie z którą policja może przeszukiwać tego typu bazy danych wyłącznie w sprawach o przestępstwa związane z użyciem przemocy oraz tam, gdzie właściciel profilu wyraził zgodę.  Już zresztą wcześniej, bo w maju witryna GEDmatch, na którą każdy może wgrać swój profil DNA, ograniczyła policji dostęp do tych profili, których właściciele wyrazili zgodę. Tym samym liczba profili DNA do których policja ma dostęp na GDAmatch spadła z 1,3 miliona do zaledwie 185 000. Pewien policyjny detektyw z Florydy prowadzi śledztwo w sprawie seryjnego gwałciciela. Uznał, że dostęp jedynie do 185 000 profili z GEDmatch to zbyt mało i wystąpił do sądu z wnioskiem, by ten, nakazał witrynie udostępnienie mu całej bazy. Detektyw ma nadzieję, że jacyś krewni gwałciciela wgrali tam informacje o swoim DNA, dzięki którym uda się znaleźć sprawcę. Sędzia przychylił się do prośby detektywa. Wyrok taki od razu wzbudził kontrowersje. Prawnicy mówią, że to, czy właściciele profili mają powody do zmartwień zależy od prowadzenia każdej ze spraw i trudno jest na tym etapie wyrokować, jak rozstrzygnięcie sądu ma się do amerykańskiego prawa. Zwracają jednak uwagę, że GEDmatch to niewielka firma. Mimo to posiadana przez nią baza 1,3 miliona profili oznacza, że w bazie tej znajduje się profil kuzyna trzeciego stopnia lub kogoś bliżej spokrewnionego z 60% białych Amerykanów. Firmy takie jak 23andMe czy Ancestry posiadają znacznie bardziej rozbudowane bazy, a zatem pozwalają na sprofilowanie znacznie większej liczby obywateli USA. Zresztą 23andMe już zapowiedziała, że jeśli otrzyma podobny wyrok to będzie się od niego odwoływała. Prawnicy zauważają, że z jednej strony, jeśli w przyszłości pojawi się takie odwołanie i rozpocznie się batalia sądowa, którą będzie rozstrzygał jeden z Federalnych Sądów Apelacyjnych lub Sąd Najwyższy, to ustanowiony zostanie silny precedens. Z drugiej strony osoba, która zostałaby oskarżona dzięki przeszukaniu takiej bazy mogłaby zapewne powoływać się na Czwartą Poprawkę, która zakazuje nielegalnych przeszukań. Specjaliści mówią, że jeśli podobne wnioski zaczną pojawiać się coraz częściej i sądy będą się do nich przychylały, to będzie to poważny problem dla witryn z bazami danych DNA. « powrót do artykułu
  3. Naukowcy pracujący nad mikrobiomem przewodu pokarmowego odkryli i wyizolowali z jelit zdrowych osób ponad 100 całkowicie nowych gatunków bakterii. Zespół z kilku instytucji badał próbki kału 20 ludzi z Wielkiej Brytanii (8) i Kanady (12). Zastosowano hodowlę i sekwencjonowanie genów 16S rRNA, co pozwoliło na klasyfikację taksonomiczną. W sumie pozyskano 737 izolatów reprezentujących 273 gatunki, w tym 173, których wcześniej nie zsekwencjonowano. Zidentyfikowano 105 nowych gatunków. Wykryte gatunki należą do 31 rodzin z typów Proteobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes i Actinobacteria. Dla naukowców próbujących stwierdzić, które gatunki bakterii występują w jednostkowym mikrobiomie, baza referencyjnych genomów z czystych izolatów bakterii przewodu pokarmowego ma kluczowe znaczenie - podkreśla dr Rob Finn z European Molecular Biology Laboratory (EMBL). Baza danych (Human Gastrointestinal Bacteria Culture Collection, HBC) będzie też stanowić podstawę dla prac nad nowymi metodami leczenia chorób: zaburzeń żołądkowo-jelitowych, infekcji czy chorób immunologicznych. « powrót do artykułu
  4. Firma biotechnologiczna 23andMe, która sprzedaje testy genetyczne, poinformowała na swoim blogu o rozpoczęciu współpracy z koncernem farmaceutycznym GlaxoSmithKline. Znany producent leków zyska na cztery lata dostęp do bazy danych 23andMe. Znajdują się w niej dane o genomie 5 milionów osób, a GSK wykorzysta bazę do opracowania nowych leków. Koncern zainwestuje też 300 milionów USD w 23andMe. Obecnie nie wiadomo, pod kątem jakich chorób będzie sprawdzana baza, jednak jednym z przykładów może być choroba Parkinsona związana z nieprawidłowym działaniem genu LRRK2. Mimo, że LRRK2 jest największym znanym czynnikiem genetycznym związanym z rozwojem choroby Parkinsona, to czynnik ten występuje jedynie u około 1 na 100 Amerykanów cierpiących na tę chorobę. Oznacza to, że GSK musiałoby sprawdzić genom 100 chorych, by znaleźć pacjenta z mutacją LRRK2. Działania takie są długotrwałe i kosztowne, więc dostęp do już gotowej bazy danych może znacznie przyspieszyć prace nad potencjalnym lekiem. Już w tej chwili 23andMe dostarczyło GSK dane 250 osób cierpiących na chorobę Parkinsona, u których występuje mutacja LRRK2 i które zgodziły się na przekazanie danych i kontakt ze strony przedstawicieli GSK. Jednak Peter Pitts, prezes organizacji Center for Medicine in the Public Interest zauważa, że jeśli czyjeś DNA jest używane do badań, osoba taka powinna otrzymywać rekompensatę. Czy ludzie ci otrzymają rabat na leki? Bo może okazać się, że klienci 23andMe płacą za to, że firma ta podpisała zyskowną dla siebie umowę z inną firmą, która z tych badań też czerpie zyski, zauważa Pitts. Z kolei Tiffany C. Li z Yale University, która specjalizuje się w polityce prywatności zauważa, że mimo iż 23andMe ma zgodę swoich klientów, to ci mogą nie być świadomi, iż takiej zgody udzielili. Problem ze wszystkimi politykami prywatności i warunkami świadczenia usług polega na tym, że nikt tego nie czyta. Tak naprawdę ci ludzie płaca prywatnej firmie za to, że ta zarabia na ich danych, stwierdza Li. 23andMe ma ponad 5 milionów klientów na całym świecie. Osoby te dostarczyły firmie swoje DNA do analizy, której celem jest określenie ich pochodzenia. Firma nie po raz pierwszy daje naukowcom dostęp do tych danych. Przedsiębiorstwo pochwaliło się, że informacje te zostały wykorzystane w ponad 100 badaniach naukowych. W 2015 roku powstała też 23andMe Therapeutics, która skupia się na nowoczesnych metodach leczenia opartych o dane genetyczne świadomie przekazane przez społeczność 23andMe. « powrót do artykułu
×
×
  • Create New...