Znajdź zawartość

Naukowcy z NOIRLab udostępnili gigantyczną bazę danych obiektów znajdujących się w płaszczyźnie Drogi Mlecznej. Zawiera ona informację o 3 miliardach 320 milionach ciał niebieskich. To największy na świecie katalog tego typu. To już druga wersja Dark Energy Camera Plane Survey – DECaPS2. Prace nad nią trwały przez dwa lata, w czasie których za pomocą Dark Energy Camera wykonano 214 000 fotografii. Na ich podstawie zebrano ponad 10 terabajtów danych, opisując około 3,32 miliarda obiektów. Dark Energy Camera zainstalowana jest na 4-metrowym teleskopie Victor M. Blanco w Cerro Tololo Inter-American Observatory (CTIO). W skład CTIO wchodzi zespół teleskopów znajdujących się na wysokości ponad 2200 metrów nad poziomem morza. Położenie obserwatorium daje dobry widok na południową część nieboskłonu, co pozwoliło DECam na wykonanie bardzo dokładnych zdjęć południowej części płaszczyzny (równika) naszej galaktyki. W DECaPS2 znajdziemy dane o obiektach, które udało się sfotografować w świetle widzialnym oraz w bliskiej podczerwieni. Pierwsza wersja DECaPS została udostępniona w 2017 roku. Obecnie, po znacznym rozszerzeniu, baza opisuje obiekty zidentyfikowane na 6,5% nocnego nieba, a obszar objęty obserwacjami ma 130 stopni długości. Jednym z powodów, dla których DECaPS2 okazał się takim sukcesem jest fakt, że nakierowaliśmy aparat na region o wysokim zagęszczeniu gwiazd i bardzo dokładnie identyfikowaliśmy różne obiekty. W ten sposób udało się stworzyć największy katalog obiektów kosmicznych, mówi Andrew Saydjari z Uniwersytetu Harvarda. W połączeniu z przeglądem Pan-STARRS 1, DECaPS2 uzupełnia 360-stopniową panoramę Drogi Mlecznej. Dzięki niemu możemy teraz stworzyć najbardziej szczegółową trójwymiarową mapę naszej galaktyki, dodaje Edward Schlafly ze Space Telescope Science Institute. DECam to instrument, który powstał na potrzeby projektu badania ciemnej energii, Dark Energy Survey. Sesje obserwacyjne prowadzono w latach 2013–2019. « powrót do artykułu

Uruchomiono długo oczekiwaną online'ową bazę danych z informacjami na temat zabytków wywiezionych z Królestwa Beninu. Zawarto w niej dane ponad 5000 przedmiotów, które obecnie znajdują się w ponad 100 muzeach na całym świecie. Są wśród nich również dane słynnych brązów z Beninu, które Brytyjczycy ukradli w 1897 roku ze splądrowanego przez siebie pałacu królewskiego w Beninie. Z pałacu zabrano wówczas co najmniej 3000 przedmiotów. Jeden z nich znajduje się w Polsce. W bazie Digital Benin znajdują się obecnie dane o 5246 obiektach, przechowywanych przez 131 instytucji w 20 krajach świata. Zostały one opisane jako obiekty ukradzione przez brytyjskie siły z Królestwa Beninu (obecnie stan Edo, Nigeria) w lutym1897 roku. Dane dotyczące obiektów zostały dostarczone przez instytucje, w których się one znajdują, zatem jakość opisów poszczególnych obiektów może różnić się między sobą. Kwestia brązów z Beninu i ich ewentualnego zwrotu stała się w ostatnich latach głośnym tematem i ma pokazywać, czy europejskie muzea są skłonne zwrócić zabytki krajom, z których terenów zostały niegdyś wywiezione. Największą kolekcję zabytków z Beninu, składającą się z 944 przedmiotów, przechowuje British Museum. Uchwalone w 1963 roku przepisy zabraniają BM usuwania zabytków ze swojej kolekcji, zatem obecnie władze muzeum nie mogą decydować o żadnych zwrotach. Prowadzą jednak rozmowy z władzami Nigerii na temat wypożyczenia zabytków na wystawę planowanego Edo Museum of West African Art. Z danych Digital Benin wynika, że drugą największą kolekcję brązów posiada berlińskie Muzeum Etnologiczne, w którym można podziwiać 518 zabytków. Coraz więcej instytucji z całego świata deklaruje, że zwróci zabytki z Beninu. W październiku amerykańskie National Gallery of Art, National Museum of African Art i Rhode Island School of Design Museum zorganizowały specjalną ceremonię, w ramach której przekazały Nigerii 31 brązów. Z kolei rząd Niemiec zadeklarował zwrócenie Nigerii ponad 1100 dzieł sztuki. W lipcu uroczyście przekazano przedstawicielom Nigerii wykonaną z brązu głowę króla oraz XVI-wieczną tabliczkę. Niemcy pomagają też w budowie Edo Museum of West African Art. Czym są brązy z Beninu? Brązy z Beninu to zbiór tysięcy metalowych rzeźb oraz rzeźbionych płytek, które w przeszłości zdobiły pałac władcy Królestwa Beninu. Były wytwarzane przez lud Edo od co najmniej XIII wieku. Cechuje je niezwykły artyzm, realizm i precyzja wykonania. Są tak doskonałe, że gdy dotarły do Europy spotkały się z niedowierzaniem. Sądzono, że jest niemożliwe, by „prymitywne i dzikie” ludy Afryki wytwarzały sztukę o tak wysokiej jakości. Niektórzy twierdzili, że doskonała jakość brązów to dowód, iż rzemieślnicy z Beninu nauczyli się metalurgii od Portugalczyków. Wiemy jednak, że wiele z tych rzeźb powstała całe wieki przed kontaktem z Europejczykami. Mimo, że zabytki są znane pod ogólną nazwą brązów, to w rzeczywistości są wykonane głownie z mosiądzu. Niektóre z nich wykonano z połączenia brązu z mosiądzem, pojawia się też drewno, kość słoniowa, ceramika i inne materiały. Metalowe części wykonano techniką traconego wosku i są najwspanialszymi przykładami wykorzystania tej metody. Wiele brązów przedstawia królów i wojowników. Gdy umierał król, jego następca zamawiał portret zmarłego wykonany w brązie. Znamy około 170 takich przedstawień, najstarsze z nich pochodzi z XII wieku. Jako, że królowie zmonopolizowali najcenniejsze materiały, to na dworach królewskich powstawały wspaniałe brązy z Beninu i to dwory stały się ośrodkami rozwoju subsaharyjskiej sztuki. Brązy z Beninu to jedne z najwspanialszych przykładów sztuki afrykańskiej. To tysiące metalowych plakietek i rzeźb, które w przeszłości zdobiły pałac królewski w Królestwie Beninu (obecnie to stan Edo w Nigerii). Najcenniejsze z nich, cechujące się największym artyzmem powstały w czasie rządów króla Esigie (ok. 1550 r.) oraz Ersoyena (I poł. XVIII w.). Większość brązów z Beninu została zagrabiona w 1897 roku podczas karnej ekspedycji armii brytyjskiej, w czasie której Brytyjczycy zdobyli Benin City, zakończyli istnienie niepodległego Beninu i włączyli ten kraj do kolonialnej Nigerii. Ekspedycję podjęto w odwecie za zmasakrowanie wyprawy brytyjskiego komisarza i konsula Protektoratu Wybrzeża Nigru, który – wbrew życzeniu króla Beninu – postanowił odwiedzić go w jego stolicy. Zrabowane brązy trafiły do British Museum oraz do wielu innych muzeów w całej Europie oraz Ameryce. Jeden z zabytków, Głowa Królowej Matki, znajduje się w Szczecinie. Nie wiadomo, jak się tam znalazła. « powrót do artykułu

Udostępniona właśnie w sieci baza danych AVONET zawiera szczegółowe pomiary ciała ponad 90 000 ptaków należących do 11 000 gatunków. Baza to dzieło międzynarodowego zespołu naukowego, na którego czele stał doktor Joseph Toias z Imperial College London. Znajdziemy w niej informacje dotyczące 9 pomiarów morfologicznych każdego z osobników: cztery pomiary dzioba, trzy pomiary skrzydeł, pomiar długości ogona oraz pomiar jednej z nóg. Baza zawiera również informacje o masie ciała oraz HWI (hand-wing index), który pozwala ocenić efektywność lotu, a zatem zdolność gatunku do rozprzestrzeniania się i przemieszczania w ekosystemie. Już wcześniej wykazano, że dziewięć wspomnianych pomiarów jest wysoce skorelowanych z ważnymi cechami gatunków, na przykład z tym, czym się żywią i w jaki sposób poszukują pożywienia. Udostępnienie tak bogatej bazy szczegółowych pomiarów jest niezwykle ważne dla testowania różnych teorii i hipotez z zakresu ornitologii i ekologii. Dotychczas bowiem opierano się na szerszych kategoriach, jak habitat czy główne źródło pożywienia. Niektórzy badacze próbowali też łączyć funkcjonowanie ekologiczne gatunku z rozmiarami ciała, jednak istnieje tylko słaby związek pomiędzy tymi dwoma elementami. Na przykład jastrzębie i kaczki mają podobne mają podobne rozmiary ciała, jednak to niewiele mówi o ich rolach w ekosystemie. Pomiary dzioba, nóg i skrzydeł dostarczają zaś bardzo wielu istotnych informacji. Na tej podstawie możemy na przykład dowiedzieć się, jakie jest miejsce danego gatunku w lokalnym łańcuchu pokarmowym czy jak daleko zwierzęta się przemieszczają. Ich połączenie pozwala na znacznie bardziej precyzyjne określenie diety i zachowania gatunków niż wnioskowanie z masy czy ogólnych rozmiarów ciała. Naukowcy od dziesięcioleci zbierają tego typu pomiary. Mniej więcej dwie dekady temu zaczęto prace na większą skalę, początkowo badając setki gatunków, a w końcu zaczęły kiełkować pomysły ogólnoświatowych baz danych. Jednak zebrane dotychczas dane były mocno pofragmentowane, części nigdzie nie publikowano, były tez ze sobą niekompatybilne. Stąd powstał pomysł międzynarodowego projektu AVONET, którego ambicją było stworzenie jednorodnej dostępnej dla badaczy ogólnoświatowej bazy danych. AVONET to efekt współpracy 115 naukowców ze 106 instytucji w 30 krajach. Połączyli oni różne bazy danych. Większość informacji pochodzi z pomiarów osobników znajdujących się w zbiorach muzealnych, przede wszystkim w Muzeum Historii Naturalnej w Londynie i Amerykańskiego Muzeum Historii Naturalnej w Nowym Jorku. Informacje te zostały uzupełnione danymi z 76 innych zbiorów. Doktor Tobias powiedział, że projekt został zrealizowany dzięki pracy olbrzymiej liczby kuratorów, kolekcjonerów i badaczy zajmujących się ptakami od połowy XIX wieku, w tym dzięki wysiłkom Darwina, Wallace'a, Shackeltona czy Audubona. Baza to wspaniałe narzędzie do przetestowania zasad rządzących ewolucją, wzorców, które wydają się rozpowszechnione na całym świecie, ale z jakiegoś powodu budzą spory. Na przykład, wykorzystaliśmy ją do sprawdzenia prawa Fostera mówiącego, że w zależności od warunków, gatunki na wyspach są albo mniejsze, albo większe od gatunków na kontynentach. Okazało się, że ta szczególna zasada różni się pomiędzy wyspami, a częściowy wpływ ma na to wielkość wyspy i stopień jej izolacji. Jest jeszcze wiele innych zasad, które można dzięki tej bazie sprawdzić, mówi Tobias. Na razie udostępniono wersję 1.0 bazy AVONET. Naukowcy już pracują nad wersją 2.0, w której znajdzie się więcej pomiarów oraz informacje na temat zachowania poszczególnych gatunków. « powrót do artykułu

Międzynarodowy zespół naukowy stworzył wielką bazę danych wszystkich znanych genomów bakteryjnych obecnych w mikrobiomie ludzkich jelit. Baza umożliwia specjalistom badanie związków pomiędzy genami bakterii a proteinami i śledzenie ich wpływu na ludzkie zdrowie. Bakterie pokrywają nas z zewnątrz i od wewnątrz. Wytwarzają one proteiny, które wpływają na nasz układ trawienny, nasze zdrowie czy podatność na choroby. Bakterie są tak bardzo rozpowszechnione, że prawdopodobnie mamy na sobie więcej komórek bakterii niż komórek własnego ciała. Zrozumienie wpływu bakterii na organizm człowieka wymaga ich wyizolowania i wyhodowania w laboratorium, a następnie zsekwencjonowania ich DNA. Jednak wiele gatunków bakterii żyje w warunkach, których nie potrafimy odtworzyć w laboratoriach. Naukowcy, chcąc zdobyć informacje na temat tych gatunków, posługują się metagenomiką. Pobierają próbkę interesującego ich środowiska, w tym przypadku ludzkiego układu pokarmowego, i sekwencjonują DNA z całej próbki. Następnie za pomocą metod obliczeniowych rekonstruują indywidualne genomy tysięcy gatunków w niej obecnych. W ubiegłym roku trzy niezależne zespoły naukowe, w tym nasz, zrekonstruowały tysiące genomów z mikrobiomu jelit. Pojawiło się pytanie, czy zespoły te uzyskały porównywalne wyniki i czy można z nich stworzyć spójną bazę danych, mówi Rob Finn z EMBL's European Bioinformatics Institute. Naukowcy porównali więc uzyskane wyniki i stworzyli dwie bazy danych: Unified Human Gastrointestinal Genome i Unified Gastrointestinal Protein. Znajduje się w nich 200 000 genomów i 170 milionów sekwencji protein od ponad 4600 gatunków bakterii znalezionych w ludzkim przewodzie pokarmowym. Okazuje się, że mikrobiom jelit jest nie zwykle bogaty i bardzo zróżnicowany. Aż 70% wspomnianych gatunków bakterii nigdy nie zostało wyhodowanych w laboratorium, a ich rola w ludzkim organizmie nie jest znana. Najwięcej znalezionych gatunków należy do rzędu Comentemales, który po raz pierwszy został opisany w 2019 roku. Tak olbrzymie zróżnicowanie Comentemales było wielkim zaskoczeniem. To pokazuje, jak mało wiemy o mikrobiomie jelitowym. Mamy nadzieję, że nasze dane pozwolą w nadchodzących latach na uzupełnienie luk w wiedzy, mówi Alexancre Almeida z EMBL-EBI. Obie imponujące bazy danych są bezpłatnie dostępne. Ich twórcy uważają, że znacznie się one rozrosną, gdy kolejne dane będą napływały z zespołów naukowych na całym świecie. Prawdopodobnie odkryjemy znacznie więcej nieznanych gatunków bakterii, gdy pojawią się dane ze słabo reprezentowanych obszarów, takich jak Ameryka Południowa, Azja czy Afryka. Wciąż niewiele wiemy o zróżnicowaniu bakterii pomiędzy różnymi ludzkimi populacjami, mówi Almeida. Niewykluczone, że w przyszłości katalogi będą zawierały nie tylko informacje o bakteriach żyjących w naszych jelitach, ale również na skórze czy w ustach. « powrót do artykułu

Microsoft poinformował, że błąd w konfiguracji zabezpieczeń jednej z firmowych baz danych spowodował, że 250 milionów rekordów o klientach firmy było publicznie dostępnych. Nasze śledztwo wykazało, że zmiany dokonane 5 grudnia 2019 roku w polityce zabezpieczeń zawierały źle skonfigurowane zasady bezpieczeństwa, które spowodowały wystawienie danych na widok publiczny, czytamy w oświadczeniu koncernu. Gdy zostaliśmy poinformowani o problemie nasi inżynierowie naprawili go 31 grudnia 2019 roku i zablokowali nieautoryzowany dostęp do danych. Problem dotyczył bazy danych wykorzystywanej do analizy systemu udzielania wsparcia. Wiadomo, że dane sięgały aż do roku 2005 i zawierały zapisy rozmów pomiędzy klientami Microsoftu, a pracownikami odpowiedzialnymi za wsparcie techniczne. Wiadomo też, że baza była przez co najmniej 2 dni dostępna dla każdego internauty. Przeglądać ją można było bez konieczności logowania się. Problem zauważyli pracownicy firmy BinaryEdge, zajmującej się wykrywaniem zagrożeń. Poinformowali Microsoft o problemie 31 grudnia. Brawa dla pracowników Microsoftu, że błyskawicznie zareagowali mimo sylwestra, stwierdził Bob Diachenko, który przekazał koncernowi informację o błędzie. Przeprowadzone przez Microsoft śledztwo wykazało, że zdecydowana większość danych była zanonimizowana. Jednak w pewnych szczególnych wypadkach niektóre dane można było powiązać np. z konkretnym adresem e-mail. Dlatego też, mimo że nie znaleziono dowodów, by do bazy dostał się ktoś nieuprawniony – poza pracownikami BinaryEdge – koncern rozpoczął informowanie klientów, których mógł dotyczyć problem. « powrót do artykułu

W ubiegłym tygodniu odbyła się 3-dniowa burza mózgów, w czasie której około 200 naukowców i przedstawicieli pacjentów chorujących na nowotwory dyskutowało o propozycji prezydenta Trumpa, który podczas styczniowego State of the Union zapowiedział przeznaczenie w ciągu 10 lat 500 milionów dolarów na badania nad nowotworami u dzieci. Jednym z głównych elementów planu jest utworzenie olbrzymiej bazy danych. Każdego roku nowotwory są diagnozowane u około 16 000 dzieci w USA. Nie wszystkie z nich przeżyją, a te, którym się to uda, często zmagają się ze skutkami ubocznymi leczenia. A gdyby wszystkie dane dotyczące takich dzieci, włącznie z datami ich urodzenia, wynikami testów genetycznych, informacjami o zażywanych lekach i wszelkimi danymi zdrowotnymi trafiły do jednej bazy danych, do której mieliby dostęp naukowcy zajmujący się badaniami nad nowotworami? Childhood Cancer Data Initiative (CCDI), jak taki projekt jest nazywany w National Cancer Institute (NCI), to ważna część planu zarysowanego przez prezydenta Trumpa. Mogłaby ona przynieść olbrzymie korzyści. Naukowcy mogliby dzięki niej opracować mniej szkodliwe metody leczenia czy w końcu dowiedzieć się, dlaczego u około 10% małych pacjentów chorujących na białaczkę choroba albo nie reaguje na leczenie, albo nawraca. Taka baza pomogłaby też w zwalczaniu rzadkich nowotworów, na które obecnie nie ma lekarstwa, gdyż naukowcy mogąc przeanalizować większą liczbę przypadków mogliby wyciągnąć jakieś wnioski. Jednak, jak zauważa szef NCI, Doug Lowy, gdyby stworzenie takiej bazy było prosto, to już byśmy ją stworzyli. Problem w tym, że dane medyczne dzieci i młodych dorosłych cierpiących na nowotwory są porozrzucane po wielu niekompatybilnych bazach danych. Znajdują się one m.in. w stanowych rejestrach osób cierpiących na nowotwory, bazach zawierających zsekwencjonowane genomy guzów nowotworowych, które są tworzone na potrzeby konkretnych projektów badawczych, znajdziemy je w bazie bazie Children's Oncology Group NCI, która prowadzi testy kliniczne. Wiele innych użytecznych danych pacjentów znajduje się w prywatnych praktykach lekarskich, różnych szpitalach, klinikach. Bardzo często nie są one zdigitalizowane, więc trzeba by te informacje ręcznie wprowadzić do systemów komputerowych. Osobny problem to dane z badań obrazowych, które trzeba by umieścić w takiej bazie wraz z odpowiednimi opisami i oznaczeniami. Żeby stworzyć taką jednolitą bazę trzeba  podjąć wiele decyzji dotyczących tego, jak głęboko sięgać w przeszłość. Czy na przykład, NCI powinna tworzyć profile genetyczne posiadanych przez siebie próbek guzów nowotworowych itp. itd. Eksperci, którzy uczestniczyli we wspomnianej burzy mózgów, zgodzili się co do tego, że w pierwszym etapie prac NCI musi stworzyć spis wszystkich istniejących baz danych i magazynów próbek. Pojawiła się też sugestia, że Instytut powinien w ciągu roku opracować sposób na połączenie pięciu największych istniejących pediatrycznych onkologicznych baz danych w jedną. Inny pomysł to wprowadzenie przez NCI numerów identyfikacyjnych pacjentów tak, by możliwe było ich śledzenie w różnych bazach. Jeszcze inny pomysł to stworzenie federalnej bazy danych badań przedklinicznych na zwierzętach, na wzór już istniejącej bazy danych badań klinicznych. Najbardziej jednak śmiałą propozycją było wpisanie każdego pacjenta nowotworowego do długoterminowego projektu danych populacyjnych. Niektórzy uczestnicy spotkania ostrzegali jednak przed „wynajdywaniem prochu na nowo”. Zauważyli, że istnieją już rozbudowane projekty badań populacyjnych, które obejmują wiele tysięcy ludzi. Nie ma sensu uwzględnianie w nich każdego człowieka, gdyż spowoduje to znaczące zwiększenie kosztów. National Cancer Institute zapowiada zebranie wszystkich pomysłów i przygotowanie podsumowania spotkania. Na razie wielką niewiadomą jest, jakie decyzje zapadną w Kongresie. Administracja prezydenta domaga się, by w budżecie na rok 2020 uwzględniono 50 milionów USD na rozpoczęcie prac nad CCDI. Kwota ta została uwzględniona w propozycji budżetowej Izby Reprezentantów, jednak Senat nie zaprezentował jeszcze projektu swojego budżetu. « powrót do artykułu

Po raz pierwszy w historii sąd federalny nakazał udostępnienie policji całej bazy danych DNA, w tym profili, których właściciele nie wyrazili zgody na udostępnienie. Od czasu, gdy w ubiegłym roku policja – po przeszukaniu publicznej bazy danych DNA – schwytała seryjnego mordercę sprzed dziesięcioleci, udało się dzięki takim bazom rozwiązać wiele nierozstrzygniętych spraw. Jednak działania policji budzą zastrzeżenia dotyczące prywatności. We wrześniu Departament Sprawiedliwości, by rozwiać te obawy, wydał instrukcję, zgodnie z którą policja może przeszukiwać tego typu bazy danych wyłącznie w sprawach o przestępstwa związane z użyciem przemocy oraz tam, gdzie właściciel profilu wyraził zgodę.  Już zresztą wcześniej, bo w maju witryna GEDmatch, na którą każdy może wgrać swój profil DNA, ograniczyła policji dostęp do tych profili, których właściciele wyrazili zgodę. Tym samym liczba profili DNA do których policja ma dostęp na GDAmatch spadła z 1,3 miliona do zaledwie 185 000. Pewien policyjny detektyw z Florydy prowadzi śledztwo w sprawie seryjnego gwałciciela. Uznał, że dostęp jedynie do 185 000 profili z GEDmatch to zbyt mało i wystąpił do sądu z wnioskiem, by ten, nakazał witrynie udostępnienie mu całej bazy. Detektyw ma nadzieję, że jacyś krewni gwałciciela wgrali tam informacje o swoim DNA, dzięki którym uda się znaleźć sprawcę. Sędzia przychylił się do prośby detektywa. Wyrok taki od razu wzbudził kontrowersje. Prawnicy mówią, że to, czy właściciele profili mają powody do zmartwień zależy od prowadzenia każdej ze spraw i trudno jest na tym etapie wyrokować, jak rozstrzygnięcie sądu ma się do amerykańskiego prawa. Zwracają jednak uwagę, że GEDmatch to niewielka firma. Mimo to posiadana przez nią baza 1,3 miliona profili oznacza, że w bazie tej znajduje się profil kuzyna trzeciego stopnia lub kogoś bliżej spokrewnionego z 60% białych Amerykanów. Firmy takie jak 23andMe czy Ancestry posiadają znacznie bardziej rozbudowane bazy, a zatem pozwalają na sprofilowanie znacznie większej liczby obywateli USA. Zresztą 23andMe już zapowiedziała, że jeśli otrzyma podobny wyrok to będzie się od niego odwoływała. Prawnicy zauważają, że z jednej strony, jeśli w przyszłości pojawi się takie odwołanie i rozpocznie się batalia sądowa, którą będzie rozstrzygał jeden z Federalnych Sądów Apelacyjnych lub Sąd Najwyższy, to ustanowiony zostanie silny precedens. Z drugiej strony osoba, która zostałaby oskarżona dzięki przeszukaniu takiej bazy mogłaby zapewne powoływać się na Czwartą Poprawkę, która zakazuje nielegalnych przeszukań. Specjaliści mówią, że jeśli podobne wnioski zaczną pojawiać się coraz częściej i sądy będą się do nich przychylały, to będzie to poważny problem dla witryn z bazami danych DNA. « powrót do artykułu

Naukowcy pracujący nad mikrobiomem przewodu pokarmowego odkryli i wyizolowali z jelit zdrowych osób ponad 100 całkowicie nowych gatunków bakterii. Zespół z kilku instytucji badał próbki kału 20 ludzi z Wielkiej Brytanii (8) i Kanady (12). Zastosowano hodowlę i sekwencjonowanie genów 16S rRNA, co pozwoliło na klasyfikację taksonomiczną. W sumie pozyskano 737 izolatów reprezentujących 273 gatunki, w tym 173, których wcześniej nie zsekwencjonowano. Zidentyfikowano 105 nowych gatunków. Wykryte gatunki należą do 31 rodzin z typów Proteobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes i Actinobacteria. Dla naukowców próbujących stwierdzić, które gatunki bakterii występują w jednostkowym mikrobiomie, baza referencyjnych genomów z czystych izolatów bakterii przewodu pokarmowego ma kluczowe znaczenie - podkreśla dr Rob Finn z European Molecular Biology Laboratory (EMBL). Baza danych (Human Gastrointestinal Bacteria Culture Collection, HBC) będzie też stanowić podstawę dla prac nad nowymi metodami leczenia chorób: zaburzeń żołądkowo-jelitowych, infekcji czy chorób immunologicznych. « powrót do artykułu

Firma biotechnologiczna 23andMe, która sprzedaje testy genetyczne, poinformowała na swoim blogu o rozpoczęciu współpracy z koncernem farmaceutycznym GlaxoSmithKline. Znany producent leków zyska na cztery lata dostęp do bazy danych 23andMe. Znajdują się w niej dane o genomie 5 milionów osób, a GSK wykorzysta bazę do opracowania nowych leków. Koncern zainwestuje też 300 milionów USD w 23andMe. Obecnie nie wiadomo, pod kątem jakich chorób będzie sprawdzana baza, jednak jednym z przykładów może być choroba Parkinsona związana z nieprawidłowym działaniem genu LRRK2. Mimo, że LRRK2 jest największym znanym czynnikiem genetycznym związanym z rozwojem choroby Parkinsona, to czynnik ten występuje jedynie u około 1 na 100 Amerykanów cierpiących na tę chorobę. Oznacza to, że GSK musiałoby sprawdzić genom 100 chorych, by znaleźć pacjenta z mutacją LRRK2. Działania takie są długotrwałe i kosztowne, więc dostęp do już gotowej bazy danych może znacznie przyspieszyć prace nad potencjalnym lekiem. Już w tej chwili 23andMe dostarczyło GSK dane 250 osób cierpiących na chorobę Parkinsona, u których występuje mutacja LRRK2 i które zgodziły się na przekazanie danych i kontakt ze strony przedstawicieli GSK. Jednak Peter Pitts, prezes organizacji Center for Medicine in the Public Interest zauważa, że jeśli czyjeś DNA jest używane do badań, osoba taka powinna otrzymywać rekompensatę. Czy ludzie ci otrzymają rabat na leki? Bo może okazać się, że klienci 23andMe płacą za to, że firma ta podpisała zyskowną dla siebie umowę z inną firmą, która z tych badań też czerpie zyski, zauważa Pitts. Z kolei Tiffany C. Li z Yale University, która specjalizuje się w polityce prywatności zauważa, że mimo iż 23andMe ma zgodę swoich klientów, to ci mogą nie być świadomi, iż takiej zgody udzielili. Problem ze wszystkimi politykami prywatności i warunkami świadczenia usług polega na tym, że nikt tego nie czyta. Tak naprawdę ci ludzie płaca prywatnej firmie za to, że ta zarabia na ich danych, stwierdza Li. 23andMe ma ponad 5 milionów klientów na całym świecie. Osoby te dostarczyły firmie swoje DNA do analizy, której celem jest określenie ich pochodzenia. Firma nie po raz pierwszy daje naukowcom dostęp do tych danych. Przedsiębiorstwo pochwaliło się, że informacje te zostały wykorzystane w ponad 100 badaniach naukowych. W 2015 roku powstała też 23andMe Therapeutics, która skupia się na nowoczesnych metodach leczenia opartych o dane genetyczne świadomie przekazane przez społeczność 23andMe. « powrót do artykułu