Jump to content
Forum Kopalni Wiedzy
Sign in to follow this  
KopalniaWiedzy.pl

Rozrywkowe składanie białek

Recommended Posts

Naukowcy z Uniwersytetu Waszyngtońskiego postanowili wykorzystać w słusznej sprawie ludzkie zamiłowanie do rozwiązywania zagadek. Gra komputerowa Foldit przemieniła składanie białek w coś na kształt sportowej konkurencji. Dzięki wysiłkom graczy uda się być może znaleźć lekarstwo na chorobę Alzheimera i inne przypadłości, w przypadku których konformacja białek ma kluczowe znaczenie.

Pierwszy etap gry to 20-minutowy trening. Uczestnicy zabawy opanowują podstawowe zasady fizyki, oczywiście w odniesieniu do budowy protein. Później Foldit nie różni się już niczym od dobrze wszystkim znanych gier wideo.

Mamy nadzieję, że zmieniamy sposób uprawiania nauki i wpływamy na to, kto się nią zajmuje. Nasz ostateczny cel? Chcielibyśmy, by tzw. zwykły człowiek brał udział w zabawie i koniec końców mógł zostać kandydatem do Nagrody Nobla [w dziedzinie medycyny - red.] - podkreśla jeden z twórców Foldit, Zoran Popović.

W ludzkim organizmie znajduje się ponad 100 tysięcy białek, które pełnią wiele różnych funkcji, np. tworzą poszczególne komórki czy wpływają na tempo przebiegu reakcji chemicznych. Często wiemy, które geny je kodują, nie mamy jednak pojęcia, w jaki sposób przyjmują one złożone kształty, a przecież ich zakamarki i wypukłości są niezwykle istotne z biologicznego punktu widzenia.

Symulacje komputerowe umożliwiają przewidzenie wszelkich możliwych kształtów białek. Ponieważ mamy do czynienia z ogromną ilością danych, w 2005 roku inny członek zespołu badawczego z Uniwersytetu Waszyngtońskiego, David Baker, rozpoczął projekt o nazwie Rosetta@home. Bazuje on na tzw. przetwarzaniu rozproszonym i angażuje moc obliczeniową komputerów wolontariuszy. Baker podkreśla, że tego typu rozwiązania sprawdzają się w przypadku prostych białek, ale złożonym proteinom mogą nie sprostać nawet superkomputery. Stąd pomysł, by wykorzystać w jakiś sposób ludzką intuicję. Używając swojej intuicji, ludzie mogą dużo szybciej dojść do właściwego rozwiązania.

Foldit wykorzystuje zdolność naszego gatunku do myślenia w trzech wymiarach. Baker udowadnia, że nie trzeba być biologiem, by dobrze wypaść w grze. Jego 13-letni syn osiąga bowiem w składaniu białek dużo lepsze rezultaty od niego samego.

Naukowcy mają nadzieję, że dzięki Foldit uda im się namierzyć naturalnych geniuszy formowania protein, którzy pomogą w rozwiązaniu wielu zagadek. Niektórzy ludzie spoglądają tylko na grę i po mniej niż 2 minutach osiągają najlepszy wynik. Nie potrafią nawet wyjaśnić, jak to zrobili, ale jakimś cudem im się to udaje.

Wersję beta gry przetestowało ponad tysiąc osób. Przypomina ona nieco Tetrisa. Foldit można instalować na maszynach z różnymi systemami operacyjnymi, także na tych z Linuksem. Od tego tygodnia gra jest dostępna dla wszystkich, nie tylko dla testerów z uczelni. Co dwa lata będą się odbywać zawody, w ramach których "zwykli ludzie" będą walczyć z grupami naukowców z różnych zakątków świata.

Od jesieni br. w grze pojawią się nowe funkcje, np. tworzenie białek, które by się nam przydały, w tym enzymów rozkładających toksyczne odpady czy absorbujących z atmosfery nadmiar dwutlenku węgla.

Naukowcy nie wykluczają też, że postawią graczom niezwykle ambitne zadania. Ich przeciwnikiem mogą być np. HIV czy malaria, a zadaniem grającego będzie stworzenie białka, które zablokuje działanie wirusa i go zniszczy.

Całość nie ograniczy się tylko do świata wirtualnego. Najlepsze proteiny będą syntetyzowane i testowane w prawdziwym laboratorium, a najlepiej radzący sobie gracze będą wymieniani w publikacjach naukowych jako współautorzy badań. Baker ma nadzieję, że z czasem dzięki grze znacząca część populacji będzie zaangażowana w rozwiązywanie najważniejszych problemów zdrowotnych trapiących ludzkość.

Foldit zawiera też elementy gry wieloosobowej. Gracze mogą łączyć się w drużyny, rozmawiać ze sobą i tworzyć osobiste profile. Naukowcy będą analizowali sposób działania najlepszych graczy, by dowiedzieć się, w jaki sposób doszli do swoich rozwiązań. Informacje te będą wykorzystywane do ciągłego ulepszania gry.

Projekt Foldit jest finansowany przez tak znane firmy i instytucje jak DARPA, Howar Hughes Medical Institute, Microsoft, Adobe, Nvidia i Intel.

Share this post


Link to post
Share on other sites

Mała uwaga: odniesieniu do białek używamy procesu "składanie", a nie "zginanie".

Share this post


Link to post
Share on other sites
"zwykli ludzie" będą walczyć z grupami naukowców z różnych zakątków świata.

 

To już po naukowcach. (kto ma tyle czasu co 12 latek??) ;D

Share this post


Link to post
Share on other sites

Jeżeli naprawdę można pomagać naukowcom grając to dla mnie rewelacja  ;D

Share this post


Link to post
Share on other sites
Guest fakir
Używając swojej intuicji, ludzie mogą dużo szybciej dojść do właściwego rozwiązania.

 

Niech żyje intuicja.

Share this post


Link to post
Share on other sites
Guest macintosh

"zwykli ludzie" będą walczyć z grupami naukowców z różnych zakątków świata

inspirujące, naukowcy grupie skejtów brudną atomicą, skejty deskorolkami i heroiną, przyćpani naukowcy stworzą skejta_berserkera_skrytobujce , który w jedną noc podetnie krtanie tysiącom metalowców, techno manicy w transie włamią się do Los Alamos i będą gryźć opancerzone drzwi prowadzące do atomicy No.0 i przypadkiem znajdą klucz do Matrixa, podłączą się na 100 lat, aż jeden z nich stanie się The One a ten okaże się the one z pierwszego matrixa i Architektowi powie "f*ck YOU!! bastard!!!", ten się uśmiechnie i powie, że naukowcy "nigdy nie istnieli", skołowany the one wyzwoli ludzi z matrixa zabijając ich, gdyż "tak na prawdę nigdy nie mieli celu", a potem złoży hołd "bombie z rdzeniem kobaltowym" i zniszczy ostatniego zombie: siebie

wynik 1:0 dla naukowców

 

proste, no nie

Share this post


Link to post
Share on other sites

LOL ;D

-------

Grałem w tą gierkę trochę, ale qrna do końca jej jeszcze nie czaję. Myślałem, że będę sklejał aminokwasy w białka, a tu mam coś jakby wyginanie gotowych białek. I trzeba to robić tak, by mieć jak najwięcej pkt :]

Share this post


Link to post
Share on other sites

Create an account or sign in to comment

You need to be a member in order to leave a comment

Create an account

Sign up for a new account in our community. It's easy!

Register a new account

Sign in

Already have an account? Sign in here.

Sign In Now
Sign in to follow this  

  • Similar Content

    • By KopalniaWiedzy.pl
      Testy laboratoryjne pokazały, że niektóre warzywno-mięsne zupy (wywary) wykazują właściwości antymalaryczne i mogą zaburzać cykl życiowy najbardziej śmiertelnego z zarodźców - zarodźca sierpowatego (Plasmodium falciparum).
      Naukowcy z Imperial College London podkreślają, że zgodnie z ich stanem wiedzy, to pierwsze badanie tego rodzaju. Jego wyniki ukazały się w piśmie Archives of Disease in Childhood.
      Zważywszy, że malaria zagraża połowie światowej populacji i że coraz bardziej nasila się problem lekooporności, naukowcy przyglądają się alternatywnym, naturalnym rozwiązaniom tego problemu.
      Akademicy poprosili uczniów pewnej szkoły podstawowej w Londynie (Eden Primary School) o przyniesienie próbek bulionu; przepisy na zwalczającą gorączkę zupę miały być w ich rodzinie przekazywane z pokolenia na pokolenie. Dzieci pochodziły z różnych grup etnicznych, zarówno z Europy, jak i z Afryki Północnej czy Bliskiego Wschodu.
      Z 60 bulionów niektóre były zbyt gęste, by je odfiltrować, inne zaś zawierały za dużo oleju. W ten sposób do testów pozostało 56.
      Przefiltrowane ekstrakty każdego z 56 bulionów inkubowano przez 72 godziny z różnymi hodowlami P. falciparum. Sprawdzano, czy któryś z nich może zahamować 1) wzrost pokolenia bezpłciowego, które rozmnaża się w organizmie człowieka na drodze schizogonii oraz 2) osiągnięcie fazy płciowej cyklu rozwojowego (gryząc chorego, komar wprowadza do swojego organizmu wraz z krwią gametocyty męskie i żeńskie, które tworzą zygotę).
      Okazało się, że 5 bulionów ograniczało wzrost pokolenia bezpłciowego o ponad 50%. W przypadku 2 wywarów aktywność hamująca była porównywalna do wiodącego leku antymalarycznego - dihydroartemizyny.
      Cztery kolejne buliony wykazywały ponad 50% skuteczność w blokowaniu dojrzewania płciowego zarodźców, co potencjalnie hamowało transmisję choroby.
      Przepisy na wywary (wegetariańskie, drobiowe i wołowe) były różne. Nie było jakiegoś konkretnego składnika, wspólnego dla zup wykazujących najsilniejszą aktywność przeciwmalaryczną. Naukowcy dodają, że mają nadzieję, że w niedalekiej przyszłości uda się zidentyfikować i przebadać aktywne składniki zup.
      Specjaliści dodają, że ważnym elementem procesu badawczego będzie standaryzacja procesu przygotowania zup. Po identyfikacji składnika aktywnego rozpoczną się wstępne badania toksykologiczne na ludzkich komórkach, a następnie testy przedkliniczne.

      « powrót do artykułu
    • By KopalniaWiedzy.pl
      Microsoft ostrzega przed niedawno wydaną przez siebie poprawką. Opublikowana 15 października opcjonalna niezwiązana z bezpieczeństwem KB45200062 może bowiem zaburzyć działanie usługi Windows Defender Advanced Threat Protection (ATP).
      Koncern z Redmond informuje, że po zainstalowaniu poprawki ATP może przestać działać i wysyłać raporty. Ponadto w podglądzie zdarzeń (Event Viewer) może zostać zarejestrowany błąd 0xc0000409.
      Błąd nie dotknie wszystkich użytkowników Windows, jednak jego występowanie to zła wiadomość dla wieru firm, które korzystają z Windows Defender ATP i zainstalowały KB4520062. Poprawka ta poprawia działanie modułów zarządzania energią, Bluetootha i wielu innych. Informacja, że może ona spowodować, iż firmowe komputery staną się mniej bezpieczne z pewnością nie ucieszy przedsiębiorców.
      Windows Defender ATP ma za zadanie chronić sieci firmowe przed zaawansowanymi atakami, wykrywać je, umożliwiać ich analizę i reakcję na nie. Mechanizm ten korzysta z narzędzi analitycznych i dla wielu firm jest istotnym elementem systemu bezpieczeństwa.
      Poprawka sprawia problemy w wersjach Windows 10 build 1809, Windows 10 Enterprise LTSC 2019, Windows Server build 1809 oraz Windows Server 2019. Jako, że jest to poprawka opcjonalna, niezwiązana z bezpieczeństwem bez większego problemu można z niej zrezygnować.
      Microsoft obiecuje udostępnienie pozbawionej błędów wersji poprawki około połowy listopada.

      « powrót do artykułu
    • By KopalniaWiedzy.pl
      Pojawiły się pogłoski, że Intel ma zamiar znacząco obniżyć ceny procesorów 9. generacji. Jak donosi TweakTown, w obliczu zbliżającej się premiery procesorów Cascade Lake-X koncern ma zamiar obciąć ceny układów Skylake-X nawet o 50%. W ten sposób firma chce szybciej opróżnić magazyny i lepiej konkurować z AMD.
      Jeśli rzeczywiście dojdzie do tak znaczącej obniżki, to najprawdopodobniej Intel będzie musiał dopłacić swoim dystrybutorom i innym parterom handlowym. To obniży firmowe zyski, jednak pozwoli lepiej konkurować z AMD.
      Obecnie AMD oferuje lepsze ceny procesorów z przeliczeniu na rdzeń, dlatego też wielu graczy wybiera układy Ryzen 5 3600/X lub Ryzen 7 3700X i cieszy się lepszą wydajnością w grach niż w przypadku układów Core i7-8700K czy Core i9-9900K, które są ponadto droższe.
      Doniesienia o potężnej obniżce opierają się na slajdzie, który prawdopodobnie wyciekł z Intela. Na slajdzie widzimy, że Intel przewiduje iż na obniżki przeznaczy w bieżącymm roku 3 miliardy dolarów. Porównuje się przy tym do AMD, pokazując, że konkurent jest znacznie mniejszą firmą, której cały zysk netto wyniósł w ubiegłym roku 0,3 miliarda USD. Mimo swojej olbrzymiej przewagi finansowej i pozycji na rynku Intel woli najwyraźniej dmuchać na zimne i poważnie traktuje AMD, które od czasu premiery architektury Zen umacnia się na rynku.

      « powrót do artykułu
    • By KopalniaWiedzy.pl
      Niewykluczone, że Microsoft ponownie znajdzie się na celowniku urzędników. Jak zapewne niektórzy pamiętają, w przeszłości koncern z Redmond dość często miał kłopoty z amerykańskimi i europejskimi urzędami. Jednak w ostatnich latach działania urzędników skupiały się przede wszystkim na Facebooku, Amazonie, Google'u czy Apple'u. Postępowanie Microsoftu nie budziło zastrzeżeń, wydawało się, że firma ani nie wykorzystuje swojej rynkowej pozycji, ani nie narusza prawa.
      Jednak te czasy mogą właśnie odchodzić do przeszłości. Unia Europejska wysyła sygnały, że j Windows 10 oraz Office naruszają przepisy GDPR regulujące kwestie prywatności. Konsekwencje śledztwa w UE mogą być zaś na tyle poważne, że nie można wykluczyć, iż działaniami Microsoftu zajmą się też odpowiednie władze w USA.
      Wątpliwości europejskich urzędników budzi sposób zbierania informacji przez Windows 10. Pytania pojawiały się już przed uchwaleniem GDPR w marcu ubiegłego roku.
      Na przykład w 2017 roku holenderska Agencja Ochrony Danych uznała, że sposób zbierania danych telemetrycznych przez Windows 10 narusza prawo. Koncern nie został ukarany, ale nakazano mu zmianę sposobu zbierania danych. Microsoft wprowadził żądane zmiany w kwietniu 2018 roku. Udostępniono wówczas m.in. Diagnostic Data Viewer, a koncern ogłosił, że narzędzie to czyni zbieranie danych w pełni transparentnym.
      Pojawiły się jednak głosy,że Diagnostic Data Viewer niczego nie czyni bardziej przejrzystym. Jego użytkownik otrzymuje bowiem długą listę niewiele mówiących informacji, takich jak „TelClinetSynthetic.PdcNetworkActivation_4” czy „Microsoft.Windows.App.Browser.IEFrameProcessAttached”. Kliknięcie na tak opisane pozycje wyświetla użytkownikowi kod, który trudno jest analizować nawet specjalistom.
      Holendrzy zabrali się za analizowanie informacji, jakie użytkownik może uzyskać dzięki Diagnostic Data Viewer i doszli do wniosku, że narzędzie spełnia wymagania, jakie postawili Microsoftowi. Zauważyli jednak coś jeszcze. Narzędzie pokazało bowiem, że Microsoft zdalnie zbiera jeszcze inne dane użytkowników. To zaś oznacza, że firma nadal może naruszać przepisy, stwierdzili przedstawiciele Agencji Ochrony Informacji. Holendrzy powiadomili o sprawie irlandzki Komitet Ochrony Danych, gdyż to właśnie w Irlandii mieści się europejska kwatera główna Microsoftu. To Irlandczycy mają zbadać, czy Microsoft narusza GDPR.
      Na razie sprawa nie wygląda dla Microsoftu korzystnie. Holendrzy stwierdzili odkryli bowiem, że Microsoft zbiera dane diagnostyczne i niediagnostyczne. Chcielibyśmy wiedzieć, czy zbieranie danych niediagnostycznych jest konieczne i czy użytkownicy są o tym w jasnym sposób informowani.
      Jeśli europejskie urzędy stwierdzą, że Microsoft narusza przepisy, to koncernowi może grozić grzywna sięgająca nawet 4 miliardów dolarów. Jeśli zaś europejskie urzędy dojdą do wniosku, że Microsoft narusza przepisy, to koncernowi może grozić podobne postępowanie w USA, zarówno przed Kongresem jak i przed władzami poszczególnych stanów, które tworzą własne przepisy dotyczące prywatności. Ostatnie problemy z amerykańskimi

      « powrót do artykułu
    • By KopalniaWiedzy.pl
      W Azji Południowo-Wschodniej rozprzestrzenia się szybko ewoluujący lekooporny szczep zarodźca sierpowatego (Plasmodium falciparum), jednego z 4 głównych gatunków pierwotniaków wywołujących malarie u ludzi. W Kambodży, Tajlandii i Wietnamie zanotowano w związku z tym alarmujący wzrost liczby pacjentów, którym nie pomaga łączona terapia z artemizyny i piperachiny (DHA-piperaquine), donoszą naukowcy z University of Oxford na łamach The Lancet Infectious Diseases.
      Naukowcy twierdza, że potrzebne są pilne działania w celu wyeliminowania z Wielkiego Subregionu Mekongu malarii powodowanej przez P. falciparum. Miałoby to zapobiec lokalnemu pojawieniu się wielolekoopornych szczepów i ich rozprzestrzenieniu się po Azji i Afryce.
      Liczba zgonów z powodu malarii znacząco spadła, gdy pod koniec lat 90. pojawiła się terapia kombinowana artemizyny z innymi lekami. Niestety, od roku 2014 zaczęto notować przypadki rozprzestrzeniania się w Wielkim Subregionie Mekongu – zamieszkanym przez ponad 300 milionów ludzi – P. falciparum opornego na artemizynę i leki jej towarzyszące. Od tamtej pory ludzkość przestała robić postępy w walce z malarią. Rośnie liczba zachorowań (z 217 do 219 milionów pomiędzy rokiem 2016 a 2017), a w roku 2017 na malarię zmarło 435 000 osób. Większość z nich to dzieci poniżej 5. roku życia zamieszkujące Afrykę subsaharyjską.
      Teraz naukowcy z University of Oxford uważają, że należy zrezygnować z terapii DHA-piperaquine, mimo że jest to kombinacja leków znajdująca się na liście leków podstawowywh WHO.
      Terapia DHA-piperquine jest szeroko stosowana w Afryce, Azji oraz z dużym pilotażowym programie w Wielkim Subregionie Mekongu. W Afryce nie zanotowano jeszcze przypadków oporności na artemizynę. Tym bardziej, jak zauważają naukowcy, należy zaprzestać podawania DHA-piperquine w Azji Południowo-Wschodniej. Chcą w ten sposób zapobiec rozprzestrzenianiu się lekooporności.
      Azja Południowo-Wschodnia to kolebka oporności na leki przeciwmalaryczne. Musimy wyeliminować malarię powodowaną przez P. falciparum, zanim stanie się ona chorobą nieuleczalną w Wielkim Subregionie Mekongu i w całej Azji. To już trzeci raz gdy zarodziec sierpowaty zyskał oporność na leki przeciwmalaryczne. Najpierw uodpornił się na chlorochinę i połączenie sulfadoksyny z pirymetaminą, a oporność ta rozprzestrzeniła się po świecie w latach 60. i 70., a teraz P. falciparum zyskuje oporność na artemizynę i leki jej towarzyszące. Musimy raz na zawsze pozbyć się tego pasożyta, mówi współautor badań doktor Rob van der Pluijm.
      Oporny na DHA-piperquine szczep KEL1/PLA1 pojawił się po raz pierwszy w Kambodży. W ostatnich latach szybko się rozprzestrzenił i mutował, zyskując coraz większą oporność i zarażając ludzi w całym Wielkim Subregionie Mekongu.

      « powrót do artykułu
×
×
  • Create New...