Skocz do zawartości
Forum Kopalni Wiedzy
KopalniaWiedzy.pl

Rozrywkowe składanie białek

Rekomendowane odpowiedzi

Naukowcy z Uniwersytetu Waszyngtońskiego postanowili wykorzystać w słusznej sprawie ludzkie zamiłowanie do rozwiązywania zagadek. Gra komputerowa Foldit przemieniła składanie białek w coś na kształt sportowej konkurencji. Dzięki wysiłkom graczy uda się być może znaleźć lekarstwo na chorobę Alzheimera i inne przypadłości, w przypadku których konformacja białek ma kluczowe znaczenie.

Pierwszy etap gry to 20-minutowy trening. Uczestnicy zabawy opanowują podstawowe zasady fizyki, oczywiście w odniesieniu do budowy protein. Później Foldit nie różni się już niczym od dobrze wszystkim znanych gier wideo.

Mamy nadzieję, że zmieniamy sposób uprawiania nauki i wpływamy na to, kto się nią zajmuje. Nasz ostateczny cel? Chcielibyśmy, by tzw. zwykły człowiek brał udział w zabawie i koniec końców mógł zostać kandydatem do Nagrody Nobla [w dziedzinie medycyny - red.] - podkreśla jeden z twórców Foldit, Zoran Popović.

W ludzkim organizmie znajduje się ponad 100 tysięcy białek, które pełnią wiele różnych funkcji, np. tworzą poszczególne komórki czy wpływają na tempo przebiegu reakcji chemicznych. Często wiemy, które geny je kodują, nie mamy jednak pojęcia, w jaki sposób przyjmują one złożone kształty, a przecież ich zakamarki i wypukłości są niezwykle istotne z biologicznego punktu widzenia.

Symulacje komputerowe umożliwiają przewidzenie wszelkich możliwych kształtów białek. Ponieważ mamy do czynienia z ogromną ilością danych, w 2005 roku inny członek zespołu badawczego z Uniwersytetu Waszyngtońskiego, David Baker, rozpoczął projekt o nazwie Rosetta@home. Bazuje on na tzw. przetwarzaniu rozproszonym i angażuje moc obliczeniową komputerów wolontariuszy. Baker podkreśla, że tego typu rozwiązania sprawdzają się w przypadku prostych białek, ale złożonym proteinom mogą nie sprostać nawet superkomputery. Stąd pomysł, by wykorzystać w jakiś sposób ludzką intuicję. Używając swojej intuicji, ludzie mogą dużo szybciej dojść do właściwego rozwiązania.

Foldit wykorzystuje zdolność naszego gatunku do myślenia w trzech wymiarach. Baker udowadnia, że nie trzeba być biologiem, by dobrze wypaść w grze. Jego 13-letni syn osiąga bowiem w składaniu białek dużo lepsze rezultaty od niego samego.

Naukowcy mają nadzieję, że dzięki Foldit uda im się namierzyć naturalnych geniuszy formowania protein, którzy pomogą w rozwiązaniu wielu zagadek. Niektórzy ludzie spoglądają tylko na grę i po mniej niż 2 minutach osiągają najlepszy wynik. Nie potrafią nawet wyjaśnić, jak to zrobili, ale jakimś cudem im się to udaje.

Wersję beta gry przetestowało ponad tysiąc osób. Przypomina ona nieco Tetrisa. Foldit można instalować na maszynach z różnymi systemami operacyjnymi, także na tych z Linuksem. Od tego tygodnia gra jest dostępna dla wszystkich, nie tylko dla testerów z uczelni. Co dwa lata będą się odbywać zawody, w ramach których "zwykli ludzie" będą walczyć z grupami naukowców z różnych zakątków świata.

Od jesieni br. w grze pojawią się nowe funkcje, np. tworzenie białek, które by się nam przydały, w tym enzymów rozkładających toksyczne odpady czy absorbujących z atmosfery nadmiar dwutlenku węgla.

Naukowcy nie wykluczają też, że postawią graczom niezwykle ambitne zadania. Ich przeciwnikiem mogą być np. HIV czy malaria, a zadaniem grającego będzie stworzenie białka, które zablokuje działanie wirusa i go zniszczy.

Całość nie ograniczy się tylko do świata wirtualnego. Najlepsze proteiny będą syntetyzowane i testowane w prawdziwym laboratorium, a najlepiej radzący sobie gracze będą wymieniani w publikacjach naukowych jako współautorzy badań. Baker ma nadzieję, że z czasem dzięki grze znacząca część populacji będzie zaangażowana w rozwiązywanie najważniejszych problemów zdrowotnych trapiących ludzkość.

Foldit zawiera też elementy gry wieloosobowej. Gracze mogą łączyć się w drużyny, rozmawiać ze sobą i tworzyć osobiste profile. Naukowcy będą analizowali sposób działania najlepszych graczy, by dowiedzieć się, w jaki sposób doszli do swoich rozwiązań. Informacje te będą wykorzystywane do ciągłego ulepszania gry.

Projekt Foldit jest finansowany przez tak znane firmy i instytucje jak DARPA, Howar Hughes Medical Institute, Microsoft, Adobe, Nvidia i Intel.

Udostępnij tę odpowiedź


Odnośnik do odpowiedzi
Udostępnij na innych stronach

Mała uwaga: odniesieniu do białek używamy procesu "składanie", a nie "zginanie".

Udostępnij tę odpowiedź


Odnośnik do odpowiedzi
Udostępnij na innych stronach

Mała uwaga: odniesieniu do białek używamy procesu "składanie", a nie "zginanie".

 

Poprawione, dziękujemy ;)

Udostępnij tę odpowiedź


Odnośnik do odpowiedzi
Udostępnij na innych stronach
"zwykli ludzie" będą walczyć z grupami naukowców z różnych zakątków świata.

 

To już po naukowcach. (kto ma tyle czasu co 12 latek??) ;D

Udostępnij tę odpowiedź


Odnośnik do odpowiedzi
Udostępnij na innych stronach

Jeżeli naprawdę można pomagać naukowcom grając to dla mnie rewelacja  ;D

Udostępnij tę odpowiedź


Odnośnik do odpowiedzi
Udostępnij na innych stronach
Gość fakir
Używając swojej intuicji, ludzie mogą dużo szybciej dojść do właściwego rozwiązania.

 

Niech żyje intuicja.

Udostępnij tę odpowiedź


Odnośnik do odpowiedzi
Udostępnij na innych stronach
Gość macintosh

"zwykli ludzie" będą walczyć z grupami naukowców z różnych zakątków świata

inspirujące, naukowcy grupie skejtów brudną atomicą, skejty deskorolkami i heroiną, przyćpani naukowcy stworzą skejta_berserkera_skrytobujce , który w jedną noc podetnie krtanie tysiącom metalowców, techno manicy w transie włamią się do Los Alamos i będą gryźć opancerzone drzwi prowadzące do atomicy No.0 i przypadkiem znajdą klucz do Matrixa, podłączą się na 100 lat, aż jeden z nich stanie się The One a ten okaże się the one z pierwszego matrixa i Architektowi powie "f*ck YOU!! bastard!!!", ten się uśmiechnie i powie, że naukowcy "nigdy nie istnieli", skołowany the one wyzwoli ludzi z matrixa zabijając ich, gdyż "tak na prawdę nigdy nie mieli celu", a potem złoży hołd "bombie z rdzeniem kobaltowym" i zniszczy ostatniego zombie: siebie

wynik 1:0 dla naukowców

 

proste, no nie

Udostępnij tę odpowiedź


Odnośnik do odpowiedzi
Udostępnij na innych stronach

LOL ;D

-------

Grałem w tą gierkę trochę, ale qrna do końca jej jeszcze nie czaję. Myślałem, że będę sklejał aminokwasy w białka, a tu mam coś jakby wyginanie gotowych białek. I trzeba to robić tak, by mieć jak najwięcej pkt :]

Udostępnij tę odpowiedź


Odnośnik do odpowiedzi
Udostępnij na innych stronach

Jeśli chcesz dodać odpowiedź, zaloguj się lub zarejestruj nowe konto

Jedynie zarejestrowani użytkownicy mogą komentować zawartość tej strony.

Zarejestruj nowe konto

Załóż nowe konto. To bardzo proste!

Zarejestruj się

Zaloguj się

Posiadasz już konto? Zaloguj się poniżej.

Zaloguj się

  • Podobna zawartość

    • przez KopalniaWiedzy.pl
      Intel ogłosił, że wybuduje w Polsce supernowoczesny zakład integracji i testowania półprzewodników. Stanie on w Miękini pod Wrocławiem, a koncern ma zamiar zainwestować w jego stworzenie do 4,6 miliarda dolarów. Inwestycja w Polsce to część obecnych i przyszłych planów Intela dotyczących Europy. Firma ma już fabrykę półprzewodników w Leixlip w Irlandii i planuje budowę drugiej w Magdeburgu w Niemczech. W sumie Intel chce zainwestować 33 miliardy euro w fabrykę w Niemczech, zakład badawczo-rozwojowo-projektowy we Francji oraz podobne przedsięwzięcia we Włoszech, Hiszpanii i Polsce.
      Zakład w Polsce ma rozpocząć pracę w 2027 roku. Zatrudnienie znajdzie w nim około 2000 osób, jednak inwestycja pomyślana została tak, by w razie potrzeby można było ją rozbudować. Koncern już przystąpił do realizacji fazy projektowania i planowania budowy, na jej rozpoczęcie będzie musiała wyrazić zgodę Unia Europejska.
      Intel już działa w Polsce i kraj ten jest dobrze przygotowany do współpracy z naszymi fabrykami w Irlandii i Niemczech. To jednocześnie kraj bardzo konkurencyjny pod względem kosztów, w którym istnieje solidna baza utalentowanych pracowników, stwierdził dyrektor wykonawczy Intela, Pat Gelsinger. Przedstawiciele koncernu stwierdzili, że Polskę wybrali między innymi ze względu na istniejącą infrastrukturę, odpowiednio przygotowaną siłę roboczą oraz świetne warunki do prowadzenia biznesu.
      Zakład w Miękini będzie ściśle współpracował z fabryką w Irlandii i planowaną fabryką w Niemczech. Będą do niego trafiały plastry krzemowe z naniesionymi elementami elektronicznymi układów scalonych. W polskim zakładzie będą one cięte na pojedyncze układy scalone, składane w gotowe chipy oraz testowane pod kątem wydajności i jakości. Stąd też będą trafiały do odbiorców. Przedsiębiorstwo będzie też w stanie pracować z indywidualnymi chipami otrzymanymi od zleceniodawcy i składać je w końcowy produkt. Będzie mogło pracować z plastrami i chipami Intela, Intel Foundry Services i innych fabryk.
      Intel nie ujawnił, jaką kwotę wsparcia z publicznych pieniędzy otrzyma od polskiego rządu. Wiemy na przykład, że koncern wciąż prowadzi negocjacje z rządem w Berlinie w sprawie dotacji do budowy fabryki w Magdeburgu. Ma być ona warta 17 miliardów euro, a Intel początkowo negocjował kwotę 6,8 miliarda euro wsparcia, ostatnio zaś niemieckie media doniosły, że firma jest bliska podpisania z Berlinem porozumienia o 9,9 miliardach euro dofinansowania. Pat Gelsinger przyznał, że Polska miała nieco więcej chęci na inwestycję Intela niż inne kraje.

      « powrót do artykułu
    • przez KopalniaWiedzy.pl
      Podczas wykopalisk w Bidwell West w pobliżu Milton Keynes w Wielkiej Brytanii specjaliści z Cotswold Archeology znaleźli średniowieczny budynek oraz inne struktury z tego okresu. Najciekawszym jednak odkryciem jest duży kościany fragment gry, który prawdopodobnie został wykonany na obrabiarce. Podobne zabytki, pochodzące z XI-XIII wieku, znajdowano już wcześniej. Były one wykorzystywane prawdopodobnie podczas różnych gier, zwykle dwuosobowych, podczas których używano kostki i planszy.
      Najnowsze znalezisko wykonano z krowiej żuchwy, a okrągły kształt nadano mu na obrabiarce. Przedmiot został ozdobiony koncentrycznymi kręgami oraz kropkami i kółkami. Naukowcy przypuszczają, że służył do gry w tabulę, chociaż nie można tego jednoznacznie stwierdzić. Niewiele też wiemy o zasadach starożytnych gier. Rzadko kiedy bowiem zachowały się one w całości, brak też jednoznacznych opisów ich zasad. Naukowcy próbują odtworzyć zasady na podstawie zachowanych fragmentów gier oraz ikonografii.
      Ludzkość od tysięcy lat gra w planszówki. W czasach rzymskich gra o nazwie duodecim scripta była jedną z pierwszych, które trafiły na Wyspy Brytyjskie. Wiemy, że wykorzystywano tutaj planszę składającą się z trzech rzędów po 12 pól. Niewykluczone, że to od niej pochodzi gra tabula, która była popularna również w średniowieczu. To gra podobna do tryktraka, używano w niej 24 pól ułożonych w dwóch rzędach. Prawdopodobnie znaleziony właśnie przedmiot służył do gry w tabulę.

      « powrót do artykułu
    • przez KopalniaWiedzy.pl
      Dzięki postępom medycyny zarażenie HIV nie oznacza wyroku śmierci. Jednak osoby zarażone HIV muszą przyjmować leki przez całe życie. Wirus bowiem ciągle znajduje się w ich organizmach i bez leków zaczyna gwałtownie się namnażać, powodując AIDS. Naukowcy z John Hopkins Medicine poinformowali właśnie, że ukrytym rezerwuarem HIV w ludzkim organizmie, przez który nie można pozbyć się infekcji, mogą być monocyty.
      Z Nature Microbiology dowiadujemy się, że w monocytach z próbek krwi pacjentów zarażonych HIV i poddawanych długoterminowej standardowej terapii antyretrowirusowej, znaleziono stabilne DNA wirusa zdolne do zarażania sąsiednich komórek. Być może odkrycie to doprowadzi do opracowania leków, które pozwolą na oczyszczenie organizmów zarażonych z wirusa. Obecnie na świecie żyje ponad 34 miliony osób z HIV. Obecnie stosowane leki pozwalają na obniżenie poziomu HIV w organizmie do niemal niewykrywalnych ilości, ale nie usuwają go całkowicie.
      Nie wiemy, jak ważne dla całkowitego usunięcia HIV są te monocyty i makrofagi, ale uzyskane przez nas wyniki wskazują, że powinniśmy kontynuować badania w tym kierunku, by lepiej zrozumieć ich rolę w chorobie, mówi profesor Janice Clements.
      Od dawna wiedziano, że wirus ukrywa swój genom najczęściej w limfocytach Th. Żeby pozbyć się HIV musimy znaleźć biomarkery komórek, w których znajduje się genom wirusa i pozbyć się tych komórek, wyjaśnia profesor Rebecca Veenhuis.
      Opisywane badania prowadzono na próbkach krwi uzyskanych w latach 2018–2022 od 10 mężczyzn, którzy po zarażeniu HIV rozpoczęli standardową terapię antyretrowirusową. Naukowcy hodowali w laboratorium komórki pozyskane z krwi mężczyzn. Monocyty bardzo szybko, w ciągu około 3 dni, zmieniają się w makrofagi. W makrofagach wszystkich badanych znaleziono DNA HIV, ale jego poziom był 10-krotnie niższy niż w limfocytach Th, dobrze znanych rezerwuarach wirusa. Następnie uczeni chcieli sprawdzić, czy genom wirusa był obecny też w monocytach przed ich różnicowaniem się w makrofagi. W tym celu przebadali krew 30 osób. Było wśród nich 8 mężczyzn z pierwszej grupy oraz 22 kobiety. DNA HIV zostało znalezione i w limfocytach Th i w monocytach wszystkich uczestników badań.
      Krew trojga ze wspomnianych osób była badana wielokrotnie w ciągu czterech lat i za każdym razem w ich makrofagach znajdowano materiał genetyczny wirusa zdolny do zarażenia limfocytów Th. Wyniki te wskazują, że monocyty mogą być stabilnym rezerwuarem HIV, dodaje Clements.

      « powrót do artykułu
    • przez KopalniaWiedzy.pl
      HIV(ang. human immunodeficiency virus) czyli ludzki wirus niedoboru odporności to wirus który wywołuje AIDS (ang. Acquired Immunodeficiency Syndrome) - zespół nabytego niedoboru odporności.
      Według danych Narodowego Instytutu Zdrowia Publicznego od początku (1985r.) epidemii HIV do 31 grudnia 2021 w Polsce potwierdzono 27552 zakażeń,u  3868 z nich rozwinął się AIDS, 1448 chorych zmarło.W Polsce przez ostatnie lata stwierdza się 1100-1300 nowych zakażeń HIV rocznie. Od wielu lat poszukuje się skutecznych metod zapobiegania transmisji HIV.
      Stosowanie poekspozycyjnej profilaktyki farmakologicznej (PEP- post-exposure prophylaxis) jest istotną strategią przeciw transmisji wirusa.  Opiera się ona na 28-dniowym przyjmowaniu trzech leków antyretrowirusowych w celu zminimalizowania ryzyka zakażenia HIV.
      PEP jest stosowana po narażeniu zawodowym , jeśli doszło do ekspozycji podczas wykonywania obowiązków zawodowych i niezawodowym  związanym z ryzykownymi zachowaniami, np. stosunki seksualne bez prezerwatywy z osobą o nieznanym statusie serologicznym HIV- główna droga transmisji HIV na świecie!
      Do zakażenia na tle zawodowym dochodzi najczęściej poprzez zakłucie/skaleczenie igłą lub innymi ostrymi narzędziami, szacunkowe ryzyko 0,32%(Najliczniejszą grupą zawodową narażoną na materiał biologiczny są pracownicy ochrony zdrowia.
      Po narażeniu na zakażenie HIV należy natychmiast zgłosić się do szpitala zakaźnego prowadzącego terapię antyretrowirusową.  Spis takich szpitali wraz z całodobowymi telefonami jest dostępny na stronie internetowej Krajowego Centrum ds. AIDS.
      Farmakologiczna profilaktyka przedekspozycyjna zakażenia HIV (PrEP – ang. pre-exposure prophylaxis) to używanie leków antyretrowirusowych u ludzi nie zakażonych HIV w celu zmniejszenia ryzyka nabycia tego zakażenia.
      Polskie Towarzystwo Naukowe AIDS rekomenduje stosowanie PrEP dorosłym osobą które:
      utrzymują kontakty seksualne bez prezerwatywy z osobami potencjalnie zakażonymi HIV stosowały PEP po kontakcie seksualnym w ciągu ostatniego roku świadczą usługi seksualne stosują naroktyki dożylnie mają kontakty seksualne pod wpływem substancji psychoaktywnych chorowały na choroby przenoszone drogą płciową w ciągu ostatniego roku PrEP jest wysoce zalecana u HIV(-) mężczyzn, którzy uprawiają seks z mężczyznami(MSM), szacuje się że 80% nowych zakażeń dotyczy MSM!
      Aktualnie w Polsce nie istnieje ustawa refundacyjna ani program profilaktyczny dajace bezpłatny dostęp do PrEP.
      Bibliografia:
      1.A. Nitsch-Osuch, Zakażenia Krwiopochodne. Profilaktyka, 2020
      2,. WHO implementation tool for pre-exposure prophylaxis (PrEP) of HIV infection – WHO 2017; EACS Guidelines version 8.2 – 2017
      3. Zasady opieki nad osobami zakażonymi HIV – zalecenia PTN AIDS 2022
      4. EACS. Guidelines Version 11.0. Oct 2021. https://www.eacsociety.org/guidelines/eacs-guidelines
      5. Narodowy Instytut Zdrowia Publicznego, Zakażenia HIV i zachorowania na AIDS w Polsce w 2021 roku ,2021

      « powrót do artykułu
    • przez KopalniaWiedzy.pl
      Stabilne ekosystemy niosą ze sobą wiele korzyści koniecznych do ludzkiego dobrostanu, w tym zachowania zdrowia. Jeśli pozwolimy na masowe zniszczenia w ekosystemach, odbije się to na zdrowiu ludzkiej populacji w sposób, który trudno przewidzieć i kontrolować, mówi profesor Michael Springborn z Uniwersytetu Kalifornijskiego w Davis. Uczony stał na czele grupy badawczej, która wykazała, że wymieranie płazów w Panamie i Kostaryce doprowadziło do wzrostu liczby przypadków malarii wśród ludzi.
      W ciągu ostatnich kilkudziesięciu lat z wielu miejsc Ameryki Południowej – i nie tylko, bo problem dotyczy całej Ziemi – zaczęły znikać żaby, salamandry i inne płazy. Poza ekologami mało kto zwrócił na to uwagę. Jednak spadki te miały bezpośredni wpływ na ludzkie zdrowie. Naukowcy poinformowali na łamach Environmental Research Letters, że w szczytowych okresach spadku liczby płazów w Panamie i Kostaryce doszło w tych krajach do wzrostu przypadków malarii o 1 osobę rocznie na 1000. Oba kraje liczą ponad 9 milionów obywateli, a to oznacza, że roczna liczba przypadków malarii zwiększyła się tam o ponad 9000.
      Od początku lat 80. do połowy lat 90. w Kostaryce rozprzestrzeniał się śmiertelny dla płazów patogen grzybiczny Batrachochytrium dendrobatidis. W Panamie dziesiątkował zwierzęta jeszcze dłużej.  W sumie na całym świecie B. dendrobatidis zabił co najmniej 90 gatunków płazów i przyczynił się do spadków wśród kolejnych 500 gatunków. Wkrótce po szczytach jego rozpowszechnienia Kostaryka i Panama doświadczyły wzrostu liczby przypadków malarii.
      Wiadomo, że żaby czy jaszczurki zjadają każdego dnia setki komarzych jajek. Malaria zaś jest przenoszona przez komary. Dlatego też naukowcy postanowili sprawdzić, czy istnieje związek pomiędzy spadkiem liczby płazów, a wzrostem zapadalności na malarię. Od pewnego czasu wiemy, że istnieją złożone związki pomiędzy zdrowiem ekosystemów a zdrowiem ludzi, jednak badanie tych związków jest niezwykle trudne, mówi doktor Joakim Weill z UC Davis.
      Uczeni przeanalizowali informacje dotyczące ekologii płazów, dane z opieki zdrowotnej oraz wykorzystali modele ekonomiczne do zbadania wzajemnych wpływów obu zjawisk. Analiza wykazała bezsprzeczny związek pomiędzy czasem i miejscem rozprzestrzeniania się B. dendrobatidis, a czasem i miejscem zwiększenie przypadków malarii. Nie znaleziono przy tym żadnego innego czynnika, który tłumaczył by obserwowane wzrosty liczby zachorowań.

      « powrót do artykułu
  • Ostatnio przeglądający   0 użytkowników

    Brak zarejestrowanych użytkowników przeglądających tę stronę.

×
×
  • Dodaj nową pozycję...