Jump to content
Forum Kopalni Wiedzy
Sign in to follow this  
KopalniaWiedzy.pl

Program szuka leku na raka

Recommended Posts

Specjaliści z IBM-a i Baylor College of Medicine opracowali oprogramowanie, które czyta prace naukowe w poszukiwaniu lekarstwa na raka. Obecnie oprogramowanie analizuje ponad 60 000 prac dotyczących proteiny p53. Bierze ona udział w powstawaniu nowotworów. Program, przetwarzając tekst, szuka informacji o kinazach białkowych regulujących pracę p53.

Kinazy białkowe to enzymy, których działanie prowadzi do zmiany zachowania białka. To właśnie one są częstym celem terapii przeciwnowotworowych. Wspomniany program tworzy listę białek wymienionych w pracach naukowych i - bazując na tym, co wie o istniejących kinazach - próbuje przewidzieć, które z wymienionych w pracach białek mogą być kinazami.

Dotychczas z listy kandydatów stworzonych przez program przetestowano 10 białek. Aż 7 z nich okazało się niezidentyfikowanymi dotychczas kinazami białkowymi, poinformował Olivier Lichtarge z Baylor. To nie pierwsze tak imponujące osiągnięcie oprogramowania. Lichtarge zdradził, że w ramach testów analizie poddano teksty naukowe, które powstały przed rokiem 2003. Chciano w ten sposób sprawdzić, czy program jest w stanie zidentyfikować kinazy białkowe p53, które wówczas nie były znane, a teraz zostały zidentyfikowane. Okazało się, że oprogramowanie odnalazło w pracach aż 7 z 9 kinaz p53, o których istnieniu dowiedzieliśmy się po roku 2003.

Biologia p53 to kluczowe zagadnienie dla każdego rodzaju choroby. Zwykle odkrywamy nowe kinazy białkowe w tempie jednej rocznie. Teraz można to znacznie przyspieszyć - mówi Lichtarge.

Naukowiec dodaje, że chociaż oprogramowanie zostało skonfigurowane pod kątem poszukiwania kinaz, to prawdopodobnie poradzi sobie również z identyfikowaniem fosfataz, które mają odwrotne działanie do kinaz. Być może pozwoli też na wyszukiwanie innych białek mających wpływ na działanie p53.

Przyspieszenie odnajdowania kinaz oraz wysoka trafność przewidywania powinna doprowadzić nie tylko do szybszego opracowania nowych leków, ale również do spadku ich cen. Stworzenie nowego lekarstwa kosztuje od 500 milionów do 1 miliarda dolarów, a jedną z przyczyn stojących za tak olbrzymimi wydatkami jest fakt, że w procesie badań odpada aż 90% procent potencjalnych kandydatów na leki. Olbrzymie kwoty są zatem przeznaczane na produkty, które nigdy nie trafiają na rynek, a co za tym idzie, te, które wchodzą do sprzedaży muszą pokryć koszt nietrafionych inwestycji.

Oprogramowanie analizujące prace naukowe może być niezwykle przydatne. Nauki biologiczne rozwijają się w takim tempie, że nikt nie jest w stanie przeczytać wszystkich prac ze swojej specjalizacji. W ubiegłym roku do prowadzonej przez amerykańską Narodową Bibliotekę Medyczną bazy Medline dodano ponad milion prac naukowych. Obecnie w Medline znajdują się 23 miliony prac.

Czasami okazuje się, że kluczowymi informacjami są te, które są rozsiane po pracy naukowej i nie stanowiły przedmiotu zainteresowań badacza. Ich znalezienie jest jednak bardzo ważne - mówi Lawrence Hunter, dyrektor Centrum Farmakologii Obliczeniowej na University of Colorado Denver. Zauważa on, że naukowcy mogliby jeszcze przed rozpoczęciem badań korzystać z oprogramowania analizującego, by sprawdzić, czy hipotezy, które stawiają, nie zostały już przez kogoś sprawdzone. Myślę, że to naprawdę przyspieszy badania. Często marnujemy w laboratoriach wiele czasu, gdyż nie znamy całej literatury specjalistycznej - mówi.



« powrót do artykułu

Share this post


Link to post
Share on other sites

Nie powiedział bym że nauka rozwija się aż w takim tempie. Po prostu uzależniono finanse uczelni od publikacji i wprowadzono w opiniowaniu pukty za publikację. Więc każdy publikuje byle co, byleby punkty były. Tego badziewia nie sposób czytać. Jest często na poziomie artykułów z np. Newsweeka (zresztą dowolnej popularnej i powszechnej gazety która ma swoje cele a nie publikacje naukowe). Czy nauką można nazwać wykonaną po raz setny kompilację kilku rozdziałów z książek? Pisanie na temat który studenci mają w programie nauczania? Co w tym odkrywczego? Nic. Ale nie chodzi o odkrycia. Ważne aby plagiatu nie było. Jak nie ma plagiatu to każdy artykuł przejdzie. Zresztą niektóre czasopisma każą sobie płacić za publikację (tj. za punkty) i przyjmą wszystko za co zapłacono. Jakoś zarabiać muszą bo przecież nikt tych czasopism nie kupi - bo nie ma tam nic wartościowego.

Przy takim przeroście badziewia nad prawdziwą nauką odkrycia giną w stercie papieru. To jedno.

Druga sprawa to że istotne infomacje nie stanowią zainteresowania badacza - czyli specjalizacja. Żadnego szerszego spojrzenia na to co się robi.

Dawniej ktoś publikował ponieważ miał coś wartościowego do przekazania (ew. miał zacięcie pisarskie). Dzisiaj ludzie muszą publikować. Kolejny raz państwa pokazują że nie ma takiej roboty której państwowo nie da się wykonać gorzej.

Share this post


Link to post
Share on other sites

Create an account or sign in to comment

You need to be a member in order to leave a comment

Create an account

Sign up for a new account in our community. It's easy!

Register a new account

Sign in

Already have an account? Sign in here.

Sign In Now
Sign in to follow this  

  • Recently Browsing   0 members

    No registered users viewing this page.

×
×
  • Create New...