Tania analiza DNA

[KopalniaWiedzy.pl 357]

BGI, największy na świecie instytut genomiki, uruchomił skierowaną do naukowców na całym świecie tanią usługę wykonania analizy bioinformatycznej dotyczącej głębokiego sekwencjonowania (NGS - Next-Generation Sequencing) DNA.

W ramach usługi „EasyGenomics“ Chińczycy oferują chmurę obliczeniową wraz z pełnym zestawem narzędzi niezbędnych do przesłania sekwencji DNA i wykonania jej analizy.

System BGI wykorzystuje procesory graficzne Tesla M2070 i M2075 Nvidii. Dzięki nim oraz zastosowaniu architektury chmur obliczeniowych możliwe stało się skrócenie czasu potrzebnego do przeprowadzenia analizy z kilku dni do kilku godzin. To w znakomitym stopniu przyspiesza prace naukowców oraz obniża koszty badań.

„Akceleracja oprogramowania przez procesory graficzne umożliwia analizowanie łańcuchów DNA szybciej niż kiedykolwiek. Skróciliśmy czas analizy z pięciu dni do pięciu godzin.  Usługa EasyGenomics po pełnym wdrożeniu w chmurze może zrewolucjonizować badania genetyczne“ - powiedział doktor Lin Fang, wiceprezes BGI.

System jest ciągle rozbudowywany, gdyż spadające koszty analizy powodują, iż coraz więcej osób i instytucji może pozwolić sobie korzystanie z tego typu usług.

„Koszty sekwencjonowania gwałtownie spadają – są szanse, że w tym roku osiągniemy próg cenowy 1000 USD za przeprowadzenie jednej analizy.  Oczekujemy ogromnego napływu danych od podmiotów zajmujących się sekwencjonowaniem DNA“ - stwierdził Sumit Gupta, dyrektor ds. produktów Tesla w Nvidii.

Procesory graficzne Tesla to przeznaczone do obliczeń równoległych akceleratory oparte na platformie CUDA firmy Nvidia. Tesla zostały zaprojektowane z myślą o obliczeniach wielkoskalowych oraz badań obliczeniowych i superkomputerach, zapewniając znacząco wyższy poziom akceleracji w wielu aplikacjach naukowych i komercyjnych od rozwiązań opartych na samych procesorach centralnych. Procesory te napędzają trzy z pięciu najpotężniejszych superkomputerów na świecie.