Jump to content
Forum Kopalni Wiedzy
Sign in to follow this  
KopalniaWiedzy.pl

Genom winorośli rozszyfrowany

Recommended Posts

Zakończono prace nad rozszyfrowaniem kodu genetycznego winorośli. Wiedza ta pomoże we wzmacnianiu smaku i zwalczaniu chorób niszczących plony. Naukowcy z Włoch i Francji wybrali do badań winorośl właściwą (Vitis vinifera), którą uznaje się za pramatkę innych odmian.

Wybraliśmy winorośl, ponieważ zajmuje ważne miejsce w dziedzictwie kulturowym ludzkości już od neolitu – twierdzą akademicy zrzeszeni we Francusko-Włoskim Publicznym Konsorcjum Charakteryzowania Genomu Winorośli (Public Consortium for Grapevine Genome Characterisation).

Po uzyskaniu ostatecznych wyników okazało się, że w genomie winorośli za zapach odpowiada dwa razy więcej genów niż u innych zbadanych wcześniej roślin. Dzięki pracom międzynarodowego zespołu udało się prześledzić genetyczną ewolucję gatunku, która zachodziła w ciągu 200 mln lat.

Zsekwencjonowanie genomu V. vinfera to czwarty tego typu projekt w przypadku roślin okrytonasiennych i pierwszy wśród roślin uprawnych. Inne wybrane rośliny okrytozalążkowe, to: topola, ryż i rzodkiewnik pospolity.

Naukowcy odkryli, że u winorośli występują duże rodziny genów bezpośrednio powiązanych z cechami zapachowymi wina. Szczególnie ważne są te dla tanin i terpenów. Odnaleziono też genetyczne podstawy cennego antyutleniacza wina: resweratrolu.

Share this post


Link to post
Share on other sites

Genom ryżu jest dłuższy niż ludzki..... 8)

Ależ oczywiście, to żadna nowość. Z kolei paproć może mieć do 1000 chromosomów!

Share this post


Link to post
Share on other sites

Create an account or sign in to comment

You need to be a member in order to leave a comment

Create an account

Sign up for a new account in our community. It's easy!

Register a new account

Sign in

Already have an account? Sign in here.

Sign In Now
Sign in to follow this  

  • Similar Content

    • By KopalniaWiedzy.pl
      W grudniu 2018 r. rozpocznie się rekrutacja do opracowania tzw. genomowej mapy Polski, w ramach której przebadany ma być genom 5 tys. Polaków - zapowiedział we wtorek na spotkaniu z dziennikarzami w Warszawie prezes Centrum Badań DNA Jacek Wojciechowicz.
      To pierwszy taki projekt w naszym kraju z pogranicza genetyki, bioinformatyki i medycyny – powiedział specjalista. Będzie on polegał na zsekwencjonowaniu całego genomu, czyli odczytaniu kolejności par nukleotydowych w DNA. Genom człowieka zawiera ponad 3 mld par zasad, ale tylko część z nich, zaledwie 2 proc., to sekwencje kodujące od 20 tys. do 25 tys. genów – wyjaśniał Jacek Wojciechowicz.
      Projektem ma być objętych 5 tys. Polaków. Rekrutacja do tego badania rozpocznie się na początku grudnia 2018 r. Na podstawie zgromadzonych danych o DNA tych osób powstanie mapa zmienności genetycznej Polaków oraz tzw. genom referencyjny naszych rodaków (najbardziej pożądany, pozbawiony groźniejszych mutacji).
      Dr inż. Piotr Łukasiak z Politechniki Poznańskiej, który nie był obecny na spotkaniu uważa, że porównując wzorcowy genom Polaka z DNA konkretnego pacjenta łatwiej będzie zdiagnozować występującą u niego chorobę i zastosować odpowiednie leczenie. Niektóre osoby inaczej metabolizują leki i wymagają zastosowania wyższych ich dawek, by terapia była skuteczna – dodał Wojciechowicz.
      Realizacją projektu zajmie się konsorcjum European Centre for Bioinformatics and Genomics (ECBiG), w skład którego wchodzą Instytut Chemii Bioorganicznej PAN, Politechnika Poznańska oraz Centrum Badań DNA (spółka zależna Inno-Gene S.A.). Całkowitą wartość projektu ocenia się na 105 mln zł.
      Podobne przedsięwzięcia od wielu lat są realizowane w innych krajach europejskich oraz w Stanach Zjednoczonych. Z danych przedstawionych podczas konferencji prasowej wynika, że w Wielkiej Brytanii od 2012 r. badaniami objęto 100 tys. osób. W Islandii przebadano wszystkich mieszkańców tego kraju. Analizowane są również genomy w Niemczech i Estonii.
      W naszym kraju mamy jedno z największy zróżnicowań genetycznych w Europie, co czyni nasze badania wyjątkowymi – podkreślił Wojciechowicz. Jego zdaniem, wynika to z tego, że nasz kraj narażony był na liczne wojny i migracje ludności, co doprowadziło do wymieszania wielu grup.
      Prezes Centrum Badań DNA zapewnia, że uzyskane wyniki badań genomu poszczególnych osób, które się na to zgodzą, będą anonimowe i odpowiednio chronione. Oznacza to, że nikomu nie będą udostępniane dane personalne osób badanych. Do badania genomu wystarczy pobrać próbkę krwi, najbardziej preferowane są osoby w wieku 25-55 lat.
      W zamian za udostępnienie swego DNA do zbadania, ochotnicy uzyskają pełne zsekwencjonowanie swego genomu – podkreślił specjalista. Dzięki temu będzie można określić, jakie mają oni mutacje i na jakie choroby mogą być bardziej narażeni. Będzie można również dowiedzieć się skąd pochodzili nasi odlegli przodkowie.
      Genom można zsekwencjonować na zamówienie, prywatnie. Takie usługi za kilka tysięcy dolarów wykonują firmy z Chin. Jacek Wojciechowicz ostrzega jednak, że nie ma gwarancji jak uzyskane w ten sposób dane mogą być wykorzystane. W Polsce takich badań nikt jeszcze nie wykonywał.
      Specjalista nie ukrywa, że dane dotyczące genomu Polaków, którzy wezmą udział w projekcie, również będą odpłatnie udostępniane firmom, głównie farmaceutycznym, oraz do badań naukowych. Zainteresowanie tymi danymi jest ogromne.
      Podczas spotkania poinformowano, że w 2012 r. firma Amgen zapłaciła 415 mln dolarów za bazę danych firmy DeCode z Islandii. Z kolei w 2015 r. firma 23andMe za 60 mln dolarów sprzedała bazę danych 800 tys. pacjentów. Ta sama firma popisała podobne umowy z 10 koncernami farmaceutycznymi.
      Zdaniem Wojciechowicza, w przyszłości sekwencjonowanie genomów będzie powszechne, ponieważ stanie się znacznie tańsze, będzie można je wykonać nawet za 100 dolarów. To sprawi, że nawet w badaniach przesiewowych mogą one zastąpić wykonywane obecnie zwykłe testy genetyczne, np. te wykorzystywane w naszym kraju do wykrywania mukowiscydozy czy fenyloketonurii.

      « powrót do artykułu
    • By KopalniaWiedzy.pl
      Amerykańscy psychiatrzy Andrew Miller i Charles Raison uważają, że warianty genów, które sprzyjają rozwojowi depresji, pojawiły się w toku ewolucji, ponieważ pomagały naszym przodkom zwalczać infekcje (Molecular Psychiatry).
      Od kilku lat naukowcy zauważali, że depresja łączy się ze wzmożoną aktywacją układu odpornościowego. Pacjenci z depresją mają bardziej nasilone procesy zapalne nawet wtedy, gdy nie są chorzy.
      Okazało się, że większość wariantów genetycznych związanych z depresją wpływa na działanie układu immunologicznego. Dlatego postanowiliśmy przemyśleć kwestię, czemu depresja wydaje się wpisana w nasz genom - wyjaśnia Miller.
      Podstawowe założenie jest takie, że geny, które jej sprzyjają, były bardzo przystosowawcze, pomagając ludziom, a zwłaszcza małym dzieciom, przeżyć zakażenie w prehistorycznym środowisku, nawet jeśli te same zachowania nie są pomocne w relacjach z innymi ludźmi - dodaje Raison.
      W przeszłości zakażenie było główną przyczyną zgonów, dlatego tylko ten, kto był w stanie je przetrwać, przekazywał swoje geny. W ten sposób ewolucja i genetyka związały ze sobą objawy depresji i reakcje fizjologiczne. Gorączka, zmęczenie/nieaktywność, unikanie towarzystwa i jadłowstręt w okresie walki z chorobą mogą być postrzegane jako przystosowawcze.
      Teoria Raisona i Millera pozwala też wyjaśnić, czemu stres stanowi czynnik ryzyka depresji. Stres aktywuje układ odpornościowy w przewidywaniu zranienia, a że aktywacja immunologiczna wiąże się z depresją, koło się zamyka. Psychiatrzy zauważają, że problemy ze snem występują zarówno w przebiegu zaburzeń nastroju, jak i podczas aktywacji układu odpornościowego, a człowiek pierwotny musiał pozostawać czujny, by po urazie odstraszać drapieżniki.
      Akademicy z Emory University i University of Arizona proponują, by w przyszłości za pomocą poziomu markerów zapalnych oceniać skuteczność terapii depresji.
    • By KopalniaWiedzy.pl
      Naukowcy z Instytutu Antropologii Maxa Plancka w Lipsku ukończyli sekwencjonowanie genomu człowieka z jaskini Denisowa. W 2010 r. dr Svante Pääbo i jego zespół przedstawili zarys genomu. Analizowano wtedy mitochondrialne DNA  z kości palca u ręki. Okazało się, że to nieznany dotąd takson z rodzaju Homo.
      Zespół z Lipska zastosował o wiele czulszą metodę. Do badania wykorzystano DNA wyekstrahowane z mniej niż 10 mg kości palca. Skoncentrowano się na 1,89 GB unikatowych sekwencji. Jak tłumaczą Niemcy, przed dwoma laty każdą pozycję w genomie określano średnio tylko 2-krotnie. Pozwoliło to ustalić pokrewieństwo człowieka z jaskini Denisowa z neandertalczykami i człowiekiem współczesnym, ale nie dawało już możliwości prześledzenia ewolucji poszczególnych części genomu.
      Po ukończeniu analiz naukowcy z Instytutu Maxa Plancka udostępnili dane nt. genomu w Internecie. Wszystkie niepowtarzalne sekwencje DNA oznaczaliśmy tyle razy, że występuje tu mniej błędów niż w większości powstałych do dziś genomów żyjących współcześnie osób - przekonuje Matthias Meyer.
      Svante Pääbo ma nadzieję, że dzięki temu przełomowemu osiągnięciu uda się odtworzyć zmiany genetyczne, które doprowadziły do powstania ludzkiej kultury, technologii i exodusu z Afryki.
      Palec, o którym wspominano na początku, został znaleziony w 2008 r. przez profesorów Anatolija Derewiankę i Michaiła Szunkowa z Rosyjskiej Akademii Nauk w warstwie datowanej na 30-50.000 lat.
    • By KopalniaWiedzy.pl
      Chińscy naukowcy poinformowali w niedzielę (18 grudnia), że ukończyli sekwencjonowanie genomu bezpośredniego potomka Czyngis-chana. Szefem projektu był Zhou Huanmin z laboratorium na Uniwersytecie Rolniczym Mongolii Wewnętrznej, który podkreślił, że to pierwszy przypadek zsekwencjonowania genomu jakiegoś Mongoła.
      Nie ujawniono, kim jest dawca próbki krwi. Wiadomo tylko, że mężczyzna pochodzi ze związku Xilin Gol i reprezentuje 34. pokolenie potomków Temudżyna z plemienia Sunit. Zhou twierdzi, że w przyszłości jego zespół zsekwencjonuje genom kolejnych 199 Mongołów. W ten sposób powstanie mapa ewolucyjnych cech mongolskich, która m.in. pomoże w kontrolowaniu różnych chorób. Poza tym powinno się udać odtworzyć trasy migracji Mongołów i ich przodków z Afryki do Azji.
      Jak donoszą media, w projekcie wzięły udział dwie uczelnie (wymieniony na początku Uniwersytet Rolniczy Mongolii Wewnętrznej oraz Uniwersytet Narodowości Mongolii Wewnętrznej), a także organizacja badawcza BGI. Próbka jest bardzo cenna dla studium, bo zapewnia pełny zapis rodowodu rodziny bez historii małżeństw z członkami innych grup etnicznych - podkreśla Zhou.
    • By KopalniaWiedzy.pl
      Naukowcom udało się zrekonstruować ważną część genomu historycznego patogenu - bakterii odpowiedzialnej za czarną śmierć, czyli epidemię dżumy, która spustoszyła Europę w XIV w. Na łamach Nature zaprezentowano nową metodę postępowania ze zniszczonymi fragmentami DNA, wypróbowaną na wariancie Yersinia pestis.
      Zaczęło się od drobnych elementów układanki, lecz dość szybko prace objęły odtwarzanie i sekwencjonowanie większych partii genomu. Wyniki kanadyjsko-niemiecko-amerykańskiego zespołu są niezwykle ważne, ponieważ pozwalają prześledzić ewolucję i zmiany zjadliwości patogenu na przestrzeni 660 lat, a to wiedza niezwykle przydatna z punktu widzenia zarządzania współczesnymi epidemiami.
      Dane genomiczne pokazują, że ten szczep bakteryjny, albo wariant, jest przodkiem wszystkich [bakterii] dżumy, jakie mamy teraz na świecie. Każdy współczesny wybuch epidemii to wynik działalności potomków średniowiecznej dżumy. Zrozumienie ewolucji tego zabójczego patogenu wprowadza nas w nową erę badań nad chorobami zakaźnymi - uważa genetyk Hendrik Poinar z McMaster University.
      Johannes Krause z Uniwersytetu w Tybindze przekonuje, że za pomocą metody wypróbowanej na Y. pestis będzie można w przyszłości odtworzyć genomy innych historycznych patogenów.
      Po wstępnym zbadaniu szczątków ponad 100 osób, ostatecznie naukowcy skupili się na miazdze zębowej 5 najbardziej obiecujących szkieletów z masowego grobu w przy drodze East Smithfield w Londynie. Jako pierwsi bezspornie wykazali, że za czarną śmierć odpowiadały właśnie pałeczki Y. pestis. Choć bakterie były obecne w średniowiecznych próbkach, wcześniejsze rezultaty odrzucono ze względu na zanieczyszczenia współczesnym DNA, m.in. bakterii glebowych.
      Międzynarodowej ekipie udało się odkodować niewielki plazmid pPCP1, który odpowiada za syntezę proteazy serynowej Pla (warunkuje ona inwazyjność patogenu, m.in. zdolność wnikania do komórek nabłonka). Dr Krause zastosował metodę molekularnego poławiania "wzbogaconych" fragmentów DNA pałeczek dżumy, które później poddawano sekwencjonowaniu. Okazało się, że plazmid pPCP1 jest identyczny jak u współczesnych Y. pestis. Oznacza to, że przynajmniej ta część informacji genetycznej niewiele się zmieniła na przestrzeni ubiegłych 600 lat.
×
×
  • Create New...