Zsekwencjonowano najdłuższy genom

[KopalniaWiedzy.pl 357]

Naukowcom udało się zsekwencjonować genom sosny taeda. To najdłuższy ze wszystkich genomów, jakie poddano dotychczas sekwencjonowaniu. Jest on siedmiokrotnie dłuższy od genomu ludzkiego. Udane sekwencjonowanie to pierwszy test nowej techniki, która przyspiesza sekwencjonowanie dzięki 100-krotnemu skompresowaniu surowych danych.

To olbrzymi genom. Wyzwaniem jest tutaj już samo zebranie wszystkich danych. Prawdziwym problemem jest jednak ułożenie ich w odpowiedniej kolejności - mówi profesor David Neale z Uniwersytetu Kalifornijskiego w Davis, który stał na czele grupy naukowej.

Genom sosny taeda składa się z 16 miliardów par zasad, z których każda musi trafić we właściwe miejsce. Jesteśmy w stanie poskładać ludzki genom, ale w tym przypadku byliśmy blisko granicy naszych możliwości. Genom siedmiokrotnie dłuższy to po prostu zbyt wiele - stwierdził profesor Steven Salzberg z Uniwersytetu Johnsa Hopkinsa, jeden z członków zespołu naukowego.

Uczeni wykorzystali metodę opracowaną na University of Maryland. Polega ona na połączeniu pokrywających się fragmentów w większe ciągi i usunięciu zbytecznych informacji. Dzięki temu komputer ma do przeanalizowania nawet 100-krotnie mniej danych.

Badania potwierdziły przypuszczenia, że genom sosny jest tak długi, gdyż pełen jest inwazyjnego DNA, które wielokrotnie się w nim skopiowało. W przypadku sosny taeda informacje inwazyjne i powtarzające się stanowią aż 82% genomu.

Naukowcy zidentyfikowali też geny odpowiedzialne za zwalczanie patogenów i mają nadzieję, że zdobędą dzięki temu istotne informacje na temat odporności tych drzew. Sosna taeda to najważniejsze drzewo w amerykańskiej gospodarce. Większość papieru w USA pozyskuje się właśnie z tego gatunku. Produkuje się z niego też biopaliwa.

« powrót do artykułu