Mikrobiom zmienił się drastycznie w ciągu ostatniego stulecia

[KopalniaWiedzy.pl 357]

Badając mikrobiom sprzed co najmniej tysiąca lat, amerykańscy naukowcy sprawdzali, jakie pożyteczne bakterie mogliśmy utracić m.in. wskutek nadużywania antybiotyków.

Cecil M. Lewis Jr i Raul Tito z University of Oklahoma badali próbki skamieniałych ekskrementów (koprolitów) z 3 stanowisk archeologicznych: 1) jaskini Hinds w południowych Stanach (~8000 BP; BP to skrót od Before Present, za teraźniejszość uznano rok 1950, chodzi więc o okres sprzed ok. 8062 lat), 2) Caserones w północnym Chile (1600 BP) i 3) Rio Zape w północnym Meksyku (1400 BP). Dodatkowo, poszukując idealnego scenariusza zakonserwowania, zespół pokusił się o analizę danych dotyczących Ötziego oraz austriackiego żołnierza zamrożonego przez 93 lata na lodowcu.

Analizę filogenetyczną prowadzono na podstawie sekwencji genu 16S rRNA. Algorytmy klasteryzacji pogrupowały próbki z tego samego miejsca. Dane z koprolitów porównywano z opublikowanymi danymi dla różnych źródeł, w tym gleby, kompostu, przewodu pokarmowego dzieci z wiejskich rejonów Afryki, skóry i jamy ustnej kosmopolitycznych dorosłych Amerykanów oraz przewodu pokarmowego naczelnych (z wykluczeniem człowieka).

Okazało się, że dane z jaskini Hinds nie pasowały w dużej mierze do wymienionych źródeł, a próbki z Caserones, pozyskane bezpośrednio z naturalnych mumii, odpowiadały w znacznym stopniu kompostowi. Jeśli chodzi o Rio Zape, sporą część danych można było połączyć z mikrobiomem społeczności wiejskich.

Wyniki stanowią poparcie dla hipotezy, że mikrobiom prehistorycznych ludzi bardziej przypomina mikrobiom naczelnych poza człowiekiem czy społeczności niezachodnich niż osób prowadzących współczesny tryb życia w USA. Na tej podstawie doszliśmy do wniosku, że w ciągu ostatniego stulecia na obszarach kosmopolitycznych zaszły poważne zmiany w tym zakresie.

Naukowcy przyznają, że zmiany dietetyczne, a także praktyki aseptyczne i przywiązanie do antybiotyków wyszły ludziom na dobre, ale nie do końca. Wiele badań sugeruje, że płacimy za to wzrostem zagrożeń autoimmunologicznych [...] - opowiada Lewis.

Akademicy chcą sprecyzować, jak zmienił się koewolucyjny związek między ludźmi a bakteriami. Badając niezachodnie społeczności i inne naczelne lub prehistoryczne próbki, spróbują opracować interwencje, które pozwalałyby odtworzyć to, co utraciliśmy. Na pewno nie będzie to proste, na przeszkodzie staną m.in. problemy ekologiczne i techniczne.

Można wystosować argument, że tradycyjne społeczności nie są całkowicie odcięte od współczesnej ludzkiej ekologii. Bywa że dostają mleko czy inne produkty żywnościowe od rządu [...]. Należy poważnie rozważyć naszych ewolucyjnych kuzynów [...], jednak wspólny przodek człowieka i szympansa żył ponad 6 mln lat temu, a to sporo czasu na wyewoluowanie mikrobiomu z wyjątkowymi ludzkimi sygnaturami.

Jeśli nawet prehistoryczne DNA się zachowa, może być zanieczyszczone osadami glebowymi. Również w samym laboratorium należy się stosować do surowych procedur zabezpieczających przed kontaminacją.