Japonia jest drugim krajem, który posiada skuteczną obronę przeciwrakietową, która pozwala zestrzelić rakiety balistyczne. Kraj Kwitnącej Wiśni przeprowadził właśnie udaną próbę strącenia rakiety wroga. Została ona wystrzelona z bazy amerykańskiej marynarki wojennej na Hawajach, a na wysokości 160 kilometrów nad Pacyfikiem zestrzeliła ją rakieta SM-3 odpalona z okrętu wojennego JS Kongo.
Japońskie Morskie Siły Samoobrony (tak brzmi oficjalna nazwa japońskiej marynarki wojennej) korzystają z okrętów wyposażonych w amerykański system radarowy Aegis. W 2003 roku korzystają one z rakiet przechwytujących SM-3 i sprzężonych z nimi systemów śledzenia celu.
Także i te urządzenia zostały opracowane przez Amerykanów. Pierwotnie były przeznaczone do obrony przed rakietami typu Scud, a więc japoński system obronny może zestrzeliwać jedynie niektóre rodzaje rakiet. Nie poradzi sobie z trójstopniowymi balistycznymi rakietami międzykontynentalnymi, które lecą poza zasięgiem japońskiej broni.