Znajdź zawartość

Coraz częstszym problemem współczesnej nauki jest nie brak informacji, lecz brak możliwości ich wykorzystania. Zasoby zgromadzonych danych o istniejących substancjach chemicznych, proteinach, czy genach są gigantyczne, ale skorzystanie z nich przekracza możliwości ludzkie. Tysiące znanych białek, miliony związków chemicznych, dają astronomiczne ilości możliwych kombinacji i oddziaływań. Jak wśród nich odnaleźć te potencjalnie użyteczne, na przykład w medycynie? Problem rozwiązał zespół kierowany przez Jerome Baudry z University of Tennessee oraz Center for Molecular Biophysics ONRL (Centrum Biofizyki Molekularnej Narodowego Laboratorium w Oak Ridge). Zaadoptował on powszechnie stosowane oprogramowanie do łączenia i przetwarzania skomputeryzowanych baz danych z informacjami o molekułach. Pracę „Task-parallel MPI implementation of Autodock4 for docking of very large databases of compounds using High Performance Super-Computers" opublikowano na łamach Journal of Computational Chemistry. Nasze studium to brakujące ogniwo pomiędzy superkomputerami i olbrzymią ilością danych dostępnych w molekularnych bazach danych typu Human Genome Project - mówi Baudry. - Mamy dostęp do lawiny danych, teraz trzeba jedynie przetworzyć dane na wiedzę. Takie przetworzenie to pierwszy krok do opracowania nowych leków: spośród miliardów możliwych interakcji białko - związek chemiczny będzie można wybrać te, które powodują pożądane efekty. Eksperymentalne sprawdzenie możliwych kombinacji trwa długo i jest bardzo drogie. Komputery o odpowiedniej mocy można przetestować miliony molekuł w ciągu jednego dnia. Znika także większość ryzyka związanego z testowaniem niektórych związków chemicznych. Dzięki współpracy z National Institutes of Health oraz funduszom z nagrody NIH Clinical Translational Science Award, a także partnerstwie z ORNL, Med/Star Health i Washington D.C. Veterans Affairs Medical Center, teoretyczny zamysł już jest wprowadzany w życie. Do przeprowadzenia wirtualnych badań prawdopodobnie zostanie wykorzystany superkomputer Jaguar, który jest w dyspozycji właśnie ORNL.