Folding@Home

[macintosh 6]

Folding@home jest internetowym projektem zorganizowanym przez Stanford University w Stanach Zjednoczonych. Projekt ma na celu badanie procesów zwijania białek, koncentruje się na badaniu sposobu w jaki cząsteczka białka składa się w przestrzeni. Jest to o tyle ważne, że od tego kształtu zależą funkcje, jakie może ona pełnić w organizmie. Na skutek nieprawidłowego złożenia się cząstki, mogą powstawać białka wywołujące choroby takie jak CJD, choroba Alzheimera, choroba Parkinsona, czy też słynne BSE, czyli "choroba szalonych krów".

 

Zasady działania:

Setki tysięcy konsol Sony PlayStation 3, których moc stanowi aktualnie podstawę systemu, oraz komputerów osobistych z całego świata łączą się przez Internet z serwerami znajdującymi się na Uniwersytecie Stanforda, skąd pobierają dane do obliczeń i dokąd odsyłają wyniki. Program pracuje w tle z najniższym możliwym priorytetem, obciążając tylko aktualnie nieużywane moce procesora, dzięki czemu nie spowalnia działania innych programów - po właściwym skonfigurowaniu opcji można w ogóle zapomnieć o programie, bowiem jego działanie jest dla nas niezauważalne. Jedynym minusem jest nieco większe zużycie energii przez komputer - współczesne systemy operacyjne podczas bezczynności procesora używają instrukcji wyłączających jego część. W przypadku uczestnictwa w projekcie procesor jest praktycznie cały czas wykorzystywany w 100%. Folding @Home to jeden z najstarszych projektów obliczeń rozproszonych i w tej chwili największy spośród nich pod względem mocy obliczeniowej. W czerwcu 2008 sięgnęła ona 2500 TFLOPS, co jednocześnie oznacza że moc projektu przewyższa moc pięciu największych superkomputerów świata liczonych łącznie

 

Udział wolontariuszy w projekcie:

Każdy internauta, który chce wziąć udział w projekcie powinien posiadać połączenie z Internetem (stałe łącze nie jest wymagane) komputer i zainstalować klienta programu Folding@home (do ściągnięcia z http://folding.stanford.edu/download.html). Można wybrać instalację opcji "graficznej", która podczas pracy wizualizuje podział białek (można wykorzystać jako wygaszacz ekranu), lub "konsolowej", która działa jako usługa systemu operacyjnego. Są też wersje które do obliczeń wykorzystują karty graficzne (GPU) i wersje dla procesorów wielordzeniowych (SMP).

Pobranie z serwera jednego WU (work unit) zajmuje kilka minut (paczka to ok. 1-2 MB). Przetworzenie pobranego WU trwa od kilku do kilkudziesięciu godzin. Komputer może być w tym czasie wyłączany. Wyłączenie komputera nie powoduje utraty wyników pracy, a ponowne uruchomienie powoduje kontynuację obliczeń od chwili ostatniego zapisania wyników pośrednich (zapis taki dokonywany jest, w zależności od ustawień, co kilka - kilkanaście minut).

Użytkownicy mogą gromadzić się w drużyny (teamy). Zespół Poland ma przypisany numer 276 i aktualnie znajduje się w okolicach 51 miejsca w światowym rankingu (dn. 08.03.2009).

 

Rozwój

Organizatorzy projektu, przy współpracy z firmą Sony oraz ATI, opracowali dedykowane wersje oprogramowania, umożliwiające wykonywanie symulacji procesu zwijania białek przy użyciu procesorów Cell konsoli PlayStation 3 oraz najnowszych wersji kart graficznych ATI (GPU). Zgodnie z wstępnymi testami oprogramowania okazało się, że na nowych platformach zadania wykonywane są ponad 40 krotnie szybciej niż na najszybszych wersjach procesorów Intel Pentium 4.

 

Strona główna projektu

strona teamu Poland

strona Trout team

 

Notka jest kopią innej notki z wikiepdii

[mikroos 70]

Projekt fantastyczny, ale obserwacja przydzielanych zadań dawała mi nieodparte wrażenie, że dostaję te same zadania do obliczenia po 3-4 razy. Nie do końca rozumiem rozdzielanie porcji danych do obliczania, ale być może już to rozwiązano. Co prawda nie bawiłem się w to przez jakiś czas, ale może warto by było do tego wrócić

[macintosh 6]

Nie dostawałeś tego samego białka kilka razy do przetworzenia.

Twój komp w jednym pakiecie przetwarzał jedną nanosekundę zwijania się tego białka.

Więc gdy dostałeś jedno białko kilka razy - to były już kolejne kroki (kolejne nanosekundy) zwijania się tego białka.

[thibris 4]

Seti@home to było coś - do czasu aż przenieśli się na BOINCa właśnie, a takie dobre rezultaty w skali kraju miałem na moim poczciwym 800MHz procesorze

[mikroos 70]

Nie dostawałeś tego samego białka kilka razy do przetworzenia.

Twój komp w jednym pakiecie przetwarzał jedną nanosekundę zwijania się tego białka.

Więc gdy dostałeś jedno białko kilka razy - to były już kolejne kroki (kolejne nanosekundy) zwijania się tego białka.

Nie obraź się, ale podejrzewam, że wiem dokładnie, co obliczałem Gwarantuję, że do obliczania dostawałem dokładnie te same zadania po kilka razy.

[macintosh 6]

Nie obraź się, ale podejrzewam, że wiem dokładnie, co obliczałem Gwarantuję, że do obliczania dostawałem dokładnie te same zadania po kilka razy.

No dobra. Ale kilkukrotne liczenie tego samego białka, ma jeden sens - jest to jakiś sposób na zapanowanie nad potencjalnymi błędami. Może suma kontrolna pliku im się nie zgadzała.

 

teza Jasia: Albo byłeś testowanym w jakiś sposób klientem(ale w jaki to mi przez myśl nie przechodzi)

 

thibrisie - dzięki za cynki o BOINCu :-)

kiedyś chciałem wspierać jakis projekt, moim czterordzeniowymi zasobami, które się marnują w obsłudze internetu i p2p.

I oto mi dałeś: http://boinc.berkeley.edu/projects.php

Będziesz wywyższony thibrisie  8)

powiem kolegom i może wcisnę to jakiejś koleżance 8)

[macintosh 6]

mikroos

Jeśli masz chwilkę to Proszę Cie o określenie projektu, który najbardziej pomoże ludzkości. Z tej listy:

http://www.gridrepublic.org/index.php?page=projects

 

Oprócz oryginalnego klienta BOINC'a istnieją klony.

GridRepublic jest o tyle lepszy od BOINC'a, że może uczestniczyć w kilku projektach jednocześnie. Jest to klient graficzny, dla przeciętnego użytkownika bajecznie prosty w instalacji. Który wykorzystuje moc wszystkich rdzeni(projekt/rdzeń). Ja mam wszystkie cztery równiutko obciążona na 100%/4*2,5Ghz/. Co wcale, a wcale nie powoduje, że system nie odpowiada. Nie czuje żadnego dyskomfortu. Bo można wyregulować maks obciążenie na dowolną ilość procentów(ja ustawiłem 95% :] - nie ma dyskomfortu...nie wiem jak to w ogóle możliwe - gdy zaczynam klikać, obciążenie spada do 80%, nawet w RedAlerta3 mogę sobie grać{co dziwne, bo wcześniej wykazywał 100% obciążenie całego jednego rdzenia})

/*btw:istnieje program CPU-control, który pomaga w WinXP zarządzać koligacjom rdzeni(przydzielanie konkretnego procesu rdzeniowi). Jeśli wciąż obciążony jest jeden rdzeń -> Alt+Ctrl+Delete -> klika na: Menedżer Zadań -> Zakładka: Procesy* ... znajdź na liście nietypowe procesy, lub z nazwy Ci się kojarzące z projektami -> prawy przycisk myszy -> Ustaw koligację ...zaznacz oddzielny rdzeń dla procesu i kliknij "OK" ... już! :-) */

 

Ja liczę dla tych projektów:

Docking@Home - najfajniejszy, bo daje podstawowe przesłanki do prób z jeszcze nie wynalezionymi lekami:

Before new drugs can be produced for laboratory testing, researchers must create molecular models and simulate their interactions to reveal possible candidates for effective drugs. This simulation is called docking. The combinations of molecules and their binding orientations are infinite in number. Simulating as many combinations as possible requires a tremendous amount of computing power.

Rosetta@home(wydaje mi się, że jego ukończenie da ludzkości największy z możliwych pozytywnych skutków):

Malaria, Wąglik, HIV, Opryszczka pospolita, Nowotwory złośliwe, Rak prostaty

Spinhenge@home - nano technologie

POEM@home: poszukiwanie białek o najniższej energetycznie strukturze trzeciorzędowej - czyli, po prostu, tego co w przyrodzie występuje. Jak zrobić leki, aby najefektywniej leczyć choroby.

world community grid ten jest najbardziej prospołeczny - obliczenia dla organizacji nonprofit

 

Mogę się uważać za zakręconego naukowca, światłego filantropa jak i dobrodusznego wolontariusza :]

 

/*

Właśnie napisałem posta - czy masz zalecenia edycyjne? Za dużo na raz? Może powinienem podzielić na bloki. O mocy pisać w odpowiednim akapicie?

*/

[mikroos 70]

Znoowuuu ja?

 

Paradoksalnie, prac nad lekami bym nie wspierał. Od tego są firmy, które i tak będą się starały przekuć to na ogromną kasę. Nie liczmy na to, że wspierając ich wysiłki dostaniemy cokolwiek w zamian.

 

Mnie osobiście najbardziej interesują projekty związane z białkami. Cels@Home i Folding@Home wydają się szczególnie interesujące. Ale wiadomo, każdy musi wybrać, co jemu najbardziej odpowiada

[macintosh 6]

Pomyliłem się. Najnowszy BOINC radzi sobie z wieloma rdzeniami(16 to std), mocą procka zarządza maksymalnie efektywnie. Ale nie pomyliłem się jeden raz. Pomyliłem się dwa razy. BOINC potrafi obsługiwać wiele projektów jednocześnie. To piękne :]

 

gridrepublic o którym pisałem wcześniej - nie był aktualizowany od wielu miesięcy. To klient oparty na BOINC 'u , stworzony przez jednego managera projektów. Właśnie przez http://www.gridrepublic.org/ .

 

thibrisie

Działasz w tym? Jakie projekty Cie interesują?

[thibris 4]

Nie działam - chciałem powrócić do Seti@home, nawet trzymali moje konto sprzed kilku lat, lecz po dwóch dniach online nie przysłali mi żadnej próbki. Łachy bez Inne projekty jakoś mnie specjalnie nie interesują, zamiast lekarstwa na raka wolałbym znaleźć ET

[macintosh 6]

Ludzie,

instalujcie BOINC 'a - PROSZĘ WAS - to największy możliwy stosunek

(efektów pracy dla ratowania świata) / (włożony wysiłek)

a w tym wypadku (włożony wysiłek) = 1/(nieskończoność) , prawie ZERO

(konieczność instalacji i kliknięcia jednego lub kilku projektów)

 

BOINC'a ściągniesz z tąd

 

programu w ogóle się nie czuje w użytkowaniu komputera, bo:

-on sobie działa w tle

-jego procesy mają najniższy możliwy priorytet

-dzięki temu gdy normalny proces(gra, baza danych) - gdy potrzebuje procka natychmiast wypiera procesy BOINC' a ,ani trochę się go nie czuje

:-)

-czyli: żadnych opóźnień w działaniu kompa

-mimo, 100% zużycia procka 

 

no to jak? pomogę :-)

[k0mandos 0]

Wtedy płacisz więcej za prąd.

[macintosh 6]

Wtedy płacisz więcej za prąd.

No tak. Mój AMD Phenom 9850 (4*2,5Ghz)chłonie całe 125 Watów.

Płacę 3*1kWh(40gr)=1,20zł/dzień (sam procek, komp i tak jest włączony 24h/24h, więc jeszcze + pozostałe komponenty).

To cały koszt mojego zaangażowania w ratowanie świata. Niewielki

 

/*czy znacie jakiś program liczący zużywane Waty - w czasie rzeczywistym, znalazłem symulator w sieci po podani komponentów i liczył zużycie dla zasilacza, wyszło mi ponad 600 -co wydaje mi sie niewiarygodnym wynikiem, bo nie mam karty graficznej,a integre (płyta, proc, ram, dyski dwa, bez napędu dvd)*/

[k0mandos 0]

Jeżeli ratujesz świat. Mi by było szkoda wydać nawet złotówki na szukanie ufoludków wśród szumów z kosmosu.

[macintosh 6]

Właśnie ratowaniem świata się zajmuję.

W podpisie umieściłem:

pomóż leczyć raka :-) zwijaj białka :-)

Poniższy link prowadzi do strony, na której jest informacja jak możesz się przyczynić. Dodając program, który będzie przeprowadzał różne symulacje dla naukowców.

world community grid

Aby Ratować Świat :-) ,kliknij - jest kilka sposobów

oto sposoby z tego grida:

[1]The Clean Energy Project

[2]Nutritious Rice for the World

[3]Help Conquer Cancer

[4]Discovering Dengue Drugs – Together

[5]Human Proteome Folding - Phase 2 Project

[6]FightAIDS@Home Project

 

Żaden z nich nie poszukuje cywilizacji pozaziemskich.

k0mandosie, pomożesz ratować świat? :-)

[k0mandos 0]

Ja już długo pomagam

[macintosh 6]

w jakich projektach? :-)

[k0mandos 0]

Catholic@home

 

Analizujemy Pismo Święte we wszystkich językach aby odnaleźć Święty Graal i Arkę Przymierza, które pozwolą nam zniszczyć ród niedowiarków aby świat był lepszy :-X

[macintosh 6]

Doszukałem się prowokacji, bo nie pasuje mi do Twojego profilu psychologicznego. Musiałem się dłużej doszukiwać, bo dopiero później zobaczyłem e'miote :-X Masz ciekawość, ale nie aż taką. Tego projektu w google nie znalazłem. Ale jak wiadomo google kłamie, więc może jest to ukryty projekt o randze rozwiniętej i inteligentnej siatki terrorystycznej. Wiem też, że jesteś ZUY, ale nie wierzę, że aż tak.

 

ja tak nie robię = działam tylko w jednym projekcie, który zawiera w sobie kilka innych bezpośrednio wpływających na kondycje zdrowotną ludzi

(projekt drugi pod względem wielkości w całym BOINC 'u {zaraz po SETI@home} = "world community grid" ,ale żwawo nadgania :] i to dzięki MNIE

 

Rosetta@home needs your help to determine the 3-dimensional shape of proteins as part of research that may ultimately contribute to cures for major human diseases such as AIDS / HIV, Malaria, Cancer, and Alzheimer's.

 

world community grid wspiera Rosettę

[k0mandos 0]

A tak serio to uruchomiłem ten Folding Rozpracowałeś mnie, nie powiem

[w46 1]

Szlachetna idea... jednak moim zdaniem ratowanie świata jest znacznie trudniejsze i wymaga włożenia sporego wysiłku poza tym świat należy ratować przed ludźmi a nie ludzi przed światem.

 

Jedyną skuteczną oceną zużycia prądu jest pomiar mocy wykonany odpowiednim do tego celu watomierzem. Dokładność metod symulacyjnych jest niewielka.

[k0mandos 0]

Można odłączyć wszystkie urządzenia w domu i patrzeć na licznik

[k0mandos 0]

Czuję się trochę oszukany, bo jak klikam w Display to tylko czarny ekran widzę

[macintosh 6]

Jaki masz sprzęt: CPU + GPU ??

Jaki projekt i jaki program to obsługuje?

 

chyba masz Folding@home : jest wersja na GPU i CPU (GPU lepiej sobie radzą : 2-10 razy lepiej niż pojedynczy rdzeń w CPU)

jeśli patrzysz 3 sekundy i wyłączasz, bo widzisz czarny ekran - to może powinieneś poczekać 10sekund

u mnie wersja na CPU nie ściągała Work Unit 'ów, a wersja na GPU mocno obciążała sprzęt (bo mam integre w mostku północnym)

 

możliwe, że program nie dostał WU - żeby sprawdzić czy dostał i przetwarza wejdź w menadżer zadań i kliknij w zakładkę wydajność - zobaczysz obciążenie CPU(powinna być maksymalna) ... oczywiście nie przetwarzaj czegoś innego, żeby nie zafałszować wyniku

[macintosh 6]

Czuję się trochę oszukany, bo jak klikam w Display to tylko czarny ekran widzę

k0mandosie, co w Twoim Foldingu@hom ?  ???