Przemierzając kosmos, szuka się wzorców w danych genetycznych

[KopalniaWiedzy.pl 314]

Od kilku dni miłośnicy gier na smartfony mogą przy okazji zrobić coś dla dobra nauki. "Play to Cure: Genes in Space" to propozycja brytyjskiej organizacji charytatywnej Cancer Research UK (CRUK), która liczy, że w ten sposób uda się przyspieszyć analizę przytłaczającej ilości danych.

Podróżując przez kosmos za 800 lat, gracze pilotują statek kosmiczny. Lawirują między przeszkodami, zbierając po drodze tajemniczy i bardzo cenny ładunek - element alfa. Podążając jego szlakiem, analizują nieświadomie dane genetyczne (znajdując najlepszą drogę, by zebrać jak najwięcej elementu alfa, kreśli się trasę przez prawdziwe macierze DNA; przekładaniem jednych danych na drugie zajmuje się oprogramowanie). Informacja zwrotna trafia do naukowców z CRUK.

Szefowa projektu Hannah Keartland podkreśla, że zależy jej na tym, by grę ściągali wszyscy, bez względu na miejsce zamieszkania i wiek.

Akademicy wykorzystają informacje zdobyte przez użytkowników "Genes in Space" do określenia, które geny są wadliwe u chorych z nowotworami. Później zajmą się opracowaniem leków.

"Genes in Space" to drugi projekt obywatelski CRUK. Wcześniej we współpracy z ekipą Zooniverse stworzono CellSlider, interaktywną stronę, na której można analizować prawdziwe dane (zdjęcia próbek tkanek). Z licznika zamieszczonego na stronie można się dowiedzieć, że przejrzano już ponad 2 mln fotografii. Na początku odwiedzający przechodzi przyspieszony kurs: uczy się rozpoznawać różne typy komórek. Uczula się go na nieregularne komórki rakowe (raka sutka) i znajdujące się w nich białka.

W ramach "Genes in Space" gracze przekopują się przez dane z mikromacierzy DNA (terabajty informacji genetycznej z tysięcy guzów). Technika ta jest bardzo pomocna przy wykrywaniu zmiany liczby kopii, gdzie fragmenty chromosomów są tracone lub zwielokrotniane. Naukowcy muszą wiedzieć, gdzie dokładnie zaczynają się i kończą rejony z dodatkowymi kopiami i które ze znajdujących się tam genów są onkogenami, a które zwykłymi pasażerami na gapę. Zazwyczaj żmudną pracę wykonują komputery, ale te nie zawsze się sprawdzają. Jak zaznacza onkolog prof. John Caldas, ludzkie oko jest nadal najlepszą technologią do wykrywania tych wzorców, a 'Genes in Space' wykorzystuje tę moc.

Grę można ściągnąć za darmo z Apple Store lub Google Play.

 

 

« powrót do artykułu